More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3864 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  75.18 
 
 		 421 aa  650    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  89.77 
 
 		 426 aa  729    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  82.62 
 
 		 417 aa  721    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  83.57 
 
 		 418 aa  704    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  97.19 
 
 		 392 aa  792    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  84.32 
 
 		 410 aa  655    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  94.29 
 
 		 420 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  82.62 
 
 		 417 aa  721    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  75.12 
 
 		 421 aa  657    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  94.63 
 
 		 391 aa  774    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  100 
 
 		 420 aa  869    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  83.82 
 
 		 422 aa  727    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  72.38 
 
 		 413 aa  636    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  82.45 
 
 		 422 aa  721    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  74.38 
 
 		 414 aa  633  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  74.2 
 
 		 420 aa  633  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  71.67 
 
 		 413 aa  627  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  71.67 
 
 		 413 aa  627  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.12 
 
 		 424 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.12 
 
 		 424 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.12 
 
 		 424 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  73.63 
 
 		 422 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.95 
 
 		 418 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  73.5 
 
 		 414 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  70.27 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  66.98 
 
 		 416 aa  585  1e-166  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.19 
 
 		 416 aa  586  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  68.55 
 
 		 414 aa  552  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  56.52 
 
 		 397 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.05 
 
 		 393 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  56.54 
 
 		 393 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  52.67 
 
 		 419 aa  394  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  48.05 
 
 		 418 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  48.18 
 
 		 443 aa  381  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  49.14 
 
 		 438 aa  365  1e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  48.22 
 
 		 419 aa  361  1e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  48.28 
 
 		 440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 		 423 aa  350  3e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  45.74 
 
 		 405 aa  342  7e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  43.41 
 
 		 421 aa  342  8e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  45.95 
 
 		 402 aa  339  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  43.71 
 
 		 421 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  43.71 
 
 		 421 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  45.05 
 
 		 402 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  46.28 
 
 		 405 aa  332  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  45.5 
 
 		 407 aa  329  6e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  45.9 
 
 		 463 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  47.38 
 
 		 431 aa  317  2e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  42.3 
 
 		 411 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  44.59 
 
 		 413 aa  312  7.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  45.38 
 
 		 432 aa  307  3e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  47.11 
 
 		 425 aa  306  4.0000000000000004e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  43.9 
 
 		 417 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  41.33 
 
 		 418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  46.34 
 
 		 431 aa  301  1e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  41.13 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  42.39 
 
 		 419 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  42.78 
 
 		 422 aa  297  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  42.86 
 
 		 418 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  42.19 
 
 		 418 aa  297  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  42.78 
 
 		 422 aa  296  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.1 
 
 		 432 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  43.05 
 
 		 421 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  42.08 
 
 		 420 aa  296  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  44.44 
 
 		 425 aa  296  5e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  42.72 
 
 		 425 aa  296  5e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  44.44 
 
 		 425 aa  296  6e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.21 
 
 		 435 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  41.97 
 
 		 435 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  41.97 
 
 		 435 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  41.97 
 
 		 435 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  39.86 
 
 		 431 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  42.78 
 
 		 421 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  40.82 
 
 		 404 aa  294  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  42.93 
 
 		 423 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  41.59 
 
 		 435 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.73 
 
 		 435 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  41.97 
 
 		 435 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2251  urea ABC transporter, urea binding protein  39.86 
 
 		 433 aa  293  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.98 
 
 		 454 aa  293  5e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.78 
 
 		 421 aa  292  6e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  43.05 
 
 		 421 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.05 
 
 		 421 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  41.71 
 
 		 419 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.67 
 
 		 421 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.16 
 
 		 425 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4229  hypothetical protein  42.05 
 
 		 426 aa  290  3e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.527328  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  46.56 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  41.94 
 
 		 840 aa  289  6e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  41.42 
 
 		 445 aa  289  6e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  42.78 
 
 		 421 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  43.62 
 
 		 420 aa  288  9e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  42.25 
 
 		 423 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  46.56 
 
 		 425 aa  288  1e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  40.28 
 
 		 427 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  42.18 
 
 		 428 aa  286  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.71 
 
 		 421 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  42.78 
 
 		 422 aa  286  5.999999999999999e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  41.98 
 
 		 421 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4149  putative urea short-chain amide or branched-chain amino acid uptake ABC transporter  41.38 
 
 		 434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>