More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2363 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  100 
 
 		 325 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  42.19 
 
 		 317 aa  230  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  39.47 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  41.7 
 
 		 328 aa  196  6e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  37.77 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 327 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.34 
 
 		 326 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 354 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  41.08 
 
 		 608 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  39 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 407 aa  176  4e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  38.68 
 
 		 614 aa  176  4e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 443 aa  175  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.28 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 415 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 407 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  40.6 
 
 		 346 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 407 aa  172  9e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  41.58 
 
 		 599 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.76 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  39.4 
 
 		 340 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  36.94 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 293 aa  169  8e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 452 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 611 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  35.64 
 
 		 589 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0267  ABC transporter related  36.04 
 
 		 598 aa  165  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.59454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  36.74 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  36.77 
 
 		 606 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.97 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6016  ABC transporter related  39.37 
 
 		 611 aa  164  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.604136  decreased coverage  0.00266342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.19 
 
 		 423 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 345 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 345 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0358  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  37.03 
 
 		 950 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  35.2 
 
 		 590 aa  161  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.1 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 324 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  37.19 
 
 		 594 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3058  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 408 aa  160  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.12681  hitchhiker  0.000339523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 297 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  36.66 
 
 		 593 aa  160  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 393 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  35.55 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  36.22 
 
 		 439 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 426 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3041  ABC transporter related  36.84 
 
 		 594 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 345 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3018  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 390 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.199444  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3033  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 390 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235152  normal  0.243359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1994  ABC transporter related  35.56 
 
 		 590 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  37.24 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  36.08 
 
 		 594 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 363 aa  156  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2425  ABC transporter-related protein  39.93 
 
 		 608 aa  156  4e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.630273  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  35.67 
 
 		 594 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  35.67 
 
 		 594 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1697  ABC transporter related  37.33 
 
 		 593 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777579  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  36.49 
 
 		 594 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 463 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  35.67 
 
 		 594 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  35.76 
 
 		 594 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  35.67 
 
 		 594 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  36.21 
 
 		 593 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  35.79 
 
 		 594 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0777  ABC transporter related  37.88 
 
 		 590 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.46 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.46 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.46 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3322  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  34.74 
 
 		 594 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.46 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.46 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.46 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0192  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  34.95 
 
 		 594 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0833757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>