More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0533 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 382 aa  762    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  86.81 
 
 		 382 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  82.59 
 
 		 381 aa  637    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  85.75 
 
 		 382 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  81.48 
 
 		 382 aa  605  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  78.95 
 
 		 383 aa  580  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  77.89 
 
 		 383 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  63.01 
 
 		 594 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  62.47 
 
 		 375 aa  425  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  61.05 
 
 		 378 aa  424  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  61.05 
 
 		 378 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  61.23 
 
 		 370 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  58.68 
 
 		 376 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  58.73 
 
 		 376 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  57.78 
 
 		 380 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  59.09 
 
 		 371 aa  408  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  57.59 
 
 		 378 aa  401  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.22 
 
 		 593 aa  404  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 381 aa  396  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  57.38 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 615 aa  389  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  57.92 
 
 		 372 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  59.41 
 
 		 579 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  55.31 
 
 		 383 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.41 
 
 		 604 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  54.99 
 
 		 370 aa  371  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.41 
 
 		 579 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  53.89 
 
 		 377 aa  369  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  59.03 
 
 		 379 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  54.74 
 
 		 373 aa  362  9e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  52.85 
 
 		 370 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  52.85 
 
 		 370 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  52.85 
 
 		 370 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  52.03 
 
 		 369 aa  342  5.999999999999999e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  54.77 
 
 		 368 aa  342  5.999999999999999e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  52.19 
 
 		 369 aa  335  9e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  52.04 
 
 		 369 aa  335  9e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  52.39 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  51.34 
 
 		 552 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  49.05 
 
 		 591 aa  318  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  51.28 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  48.86 
 
 		 364 aa  302  7.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  47.66 
 
 		 366 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  47.9 
 
 		 361 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  46.93 
 
 		 359 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  44.66 
 
 		 361 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  45.28 
 
 		 370 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  42.47 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  43.29 
 
 		 359 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  48.16 
 
 		 370 aa  279  5e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  43.84 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  42.7 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  45.58 
 
 		 368 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  46.17 
 
 		 374 aa  276  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  44.59 
 
 		 376 aa  276  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  47.31 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  45.33 
 
 		 367 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  42.98 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  43.67 
 
 		 365 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  41.57 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  45.17 
 
 		 367 aa  273  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  44.94 
 
 		 368 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  45.17 
 
 		 367 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  41.95 
 
 		 369 aa  273  5.000000000000001e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  45.16 
 
 		 369 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.87 
 
 		 361 aa  272  6e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  41.3 
 
 		 388 aa  272  7e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  45.43 
 
 		 365 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  42.58 
 
 		 358 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  45.43 
 
 		 365 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  45.15 
 
 		 365 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  47.73 
 
 		 359 aa  271  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  48.18 
 
 		 364 aa  270  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  45.15 
 
 		 376 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  43.21 
 
 		 373 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  43.42 
 
 		 359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  39.89 
 
 		 363 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 367 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  44.25 
 
 		 358 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  43.1 
 
 		 366 aa  269  5e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  43.87 
 
 		 361 aa  269  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  45.63 
 
 		 358 aa  269  8e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  43.98 
 
 		 359 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  43.97 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  43.7 
 
 		 359 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  41.9 
 
 		 366 aa  268  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  43.85 
 
 		 368 aa  267  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  44.14 
 
 		 373 aa  268  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  43.97 
 
 		 358 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  43.97 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  44.23 
 
 		 368 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>