More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3883 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  100 
 
 		 424 aa  829    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  84.4 
 
 		 421 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  83.29 
 
 		 420 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  72.97 
 
 		 430 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  67.17 
 
 		 426 aa  508  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  63.66 
 
 		 421 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.47 
 
 		 476 aa  295  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  44.8 
 
 		 414 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  45.56 
 
 		 443 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5358  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.65 
 
 		 396 aa  229  9e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.17 
 
 		 420 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 517 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.03 
 
 		 400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 390 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.15 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  26.07 
 
 		 389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3255  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.77 
 
 		 410 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.524735  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 432 aa  109  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  29.29 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  29.29 
 
 		 354 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 		 407 aa  107  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  25.12 
 
 		 407 aa  107  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  29.04 
 
 		 370 aa  106  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  29.04 
 
 		 370 aa  106  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.87 
 
 		 428 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 430 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.53 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  28.28 
 
 		 349 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.27 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 		 398 aa  102  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  27.68 
 
 		 424 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 453 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 432 aa  100  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  26.96 
 
 		 397 aa  99.4  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 405 aa  98.6  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  29.11 
 
 		 434 aa  98.6  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  29.64 
 
 		 430 aa  97.8  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 430 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  25.96 
 
 		 334 aa  98.2  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 471 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 379 aa  97.4  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  28.07 
 
 		 344 aa  97.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 404 aa  96.7  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 347 aa  97.1  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 478 aa  97.1  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  26.77 
 
 		 371 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  26.77 
 
 		 371 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  23.69 
 
 		 377 aa  96.7  8e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  26.77 
 
 		 371 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  26.77 
 
 		 371 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  26.77 
 
 		 371 aa  96.3  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  26.77 
 
 		 371 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 371 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  27.32 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  24.66 
 
 		 607 aa  96.3  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  26.77 
 
 		 371 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.87 
 
 		 399 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 387 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 340 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  26.77 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 444 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 		 504 aa  94.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 388 aa  94  4e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 		 379 aa  93.6  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  25.72 
 
 		 360 aa  93.6  7e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.12 
 
 		 512 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  26.55 
 
 		 372 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  26.55 
 
 		 372 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 363 aa  92.8  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  26.8 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 421 aa  92.8  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.47 
 
 		 471 aa  92.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 429 aa  92  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.23 
 
 		 408 aa  92  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  25.82 
 
 		 403 aa  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 388 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  32.26 
 
 		 401 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 402 aa  91.3  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  26.49 
 
 		 348 aa  91.3  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 421 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 404 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  26.52 
 
 		 353 aa  91.3  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 408 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 404 aa  90.9  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 404 aa  90.9  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.56 
 
 		 360 aa  90.9  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  26.04 
 
 		 428 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>