More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3083 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3083  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
490 aa  974    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536231  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04837  outer membrane channel protein  45.51 
 
 
477 aa  329  9e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1359  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.14 
 
 
462 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  38.62 
 
 
513 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.47 
 
 
486 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.47 
 
 
486 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.02 
 
 
544 aa  240  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1905  outer membrane efflux protein OprA  42.08 
 
 
516 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1660  hypothetical protein  42.08 
 
 
516 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.077421  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2059  Outer membrane efflux protein  42.08 
 
 
513 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.26387  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.33 
 
 
483 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.09 
 
 
485 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2838  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.4 
 
 
528 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.207275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  41.23 
 
 
467 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.97 
 
 
492 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.13 
 
 
485 aa  232  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0653  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  36.34 
 
 
460 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.191725  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3074  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  36.13 
 
 
457 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.127852  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0619  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  36.13 
 
 
457 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000166732  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3057  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.13 
 
 
457 aa  231  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  35.92 
 
 
460 aa  231  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  36.13 
 
 
460 aa  231  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284493  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2327  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.81 
 
 
528 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.356993  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.58 
 
 
491 aa  231  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.5 
 
 
487 aa  230  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0245631 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00533  copper/silver efflux system, outer membrane component  35.92 
 
 
457 aa  229  8e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00522  hypothetical protein  35.92 
 
 
457 aa  229  8e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.55 
 
 
496 aa  229  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  37.76 
 
 
470 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.34 
 
 
485 aa  227  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.81 
 
 
478 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2477  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.19 
 
 
484 aa  223  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.74 
 
 
486 aa  223  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.84 
 
 
485 aa  222  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.62 
 
 
500 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.48 
 
 
470 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
484 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.34 
 
 
499 aa  219  7e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.62 
 
 
495 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.68 
 
 
486 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  38.49 
 
 
468 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.72 
 
 
477 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  36.54 
 
 
486 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5856  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.69 
 
 
493 aa  217  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.94 
 
 
489 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.83 
 
 
477 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.88 
 
 
461 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  33.88 
 
 
461 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  38.53 
 
 
514 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.59 
 
 
514 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38 
 
 
475 aa  213  4.9999999999999996e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.21 
 
 
489 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6823  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.76 
 
 
480 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248499 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.05 
 
 
501 aa  213  7e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.54 
 
 
484 aa  213  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.12 
 
 
469 aa  212  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.84 
 
 
471 aa  212  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3894  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.71 
 
 
476 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.6 
 
 
499 aa  212  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.71 
 
 
476 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4472  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.71 
 
 
476 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4358  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
482 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0323  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.34 
 
 
496 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.501802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.3 
 
 
484 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.86 
 
 
516 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
510 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.3 
 
 
484 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.73 
 
 
514 aa  212  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.95 
 
 
495 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0610186  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  38.55 
 
 
499 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.85 
 
 
479 aa  209  7e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.42 
 
 
476 aa  209  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.81 
 
 
469 aa  208  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.32 
 
 
467 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.05 
 
 
482 aa  208  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.8 
 
 
474 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  38.37 
 
 
485 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.44 
 
 
507 aa  207  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.91 
 
 
483 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.58 
 
 
493 aa  205  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.9 
 
 
495 aa  205  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  38.13 
 
 
485 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.33 
 
 
470 aa  206  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.47 
 
 
471 aa  204  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.54 
 
 
472 aa  204  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.27 
 
 
505 aa  204  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.09 
 
 
517 aa  203  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.22 
 
 
480 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.33 
 
 
507 aa  203  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2110  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
520 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277325  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.68 
 
 
481 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.97 
 
 
507 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  39.95 
 
 
492 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.34 
 
 
507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.15 
 
 
507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.83 
 
 
471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.19 
 
 
472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.97 
 
 
508 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.86 
 
 
507 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.86 
 
 
507 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>