More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0617 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  59.44 
 
 		 770 aa  865    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  59.44 
 
 		 770 aa  867    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0572  penicillin-binding protein 1C  94.39 
 
 		 784 aa  1404    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  60.13 
 
 		 771 aa  862    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  59.31 
 
 		 770 aa  864    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.122147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3968  penicillin-binding protein  44.97 
 
 		 790 aa  671    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337015  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  59.44 
 
 		 770 aa  865    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0611  penicillin-binding protein 1C  94.26 
 
 		 784 aa  1402    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585704  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4847  penicillin-binding protein  80.19 
 
 		 782 aa  1205    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  60 
 
 		 771 aa  858    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4387  penicillin-binding protein 1C  78.66 
 
 		 782 aa  1200    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  59.44 
 
 		 770 aa  867    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  59.87 
 
 		 771 aa  857    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  59.31 
 
 		 770 aa  865    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  59.18 
 
 		 770 aa  863    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4592  penicillin-binding protein 1C  90.18 
 
 		 784 aa  1387    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0233923 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  60.48 
 
 		 771 aa  861    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0617  penicillin-binding protein 1C  100 
 
 		 784 aa  1535    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.701974  normal  0.0771525 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1366  penicillin-binding protein 1C  54.02 
 
 		 794 aa  710    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0369246  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1435  bifunctional penicillin-binding protein 1C precursor  54.02 
 
 		 794 aa  707    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.443847  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  60 
 
 		 771 aa  860    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  59.04 
 
 		 770 aa  861    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  65.72 
 
 		 774 aa  963    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.355013 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  76.56 
 
 		 774 aa  1113    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3022  penicillin-binding protein 1C  52.56 
 
 		 793 aa  712    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.505998 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  59.15 
 
 		 770 aa  863    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  58.76 
 
 		 774 aa  875    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  50.6 
 
 		 780 aa  633  1e-180  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0107  penicillin-binding protein 1C  45.25 
 
 		 762 aa  632  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2472  penicillin-binding protein 1C  50.7 
 
 		 799 aa  629  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462783 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  47.69 
 
 		 807 aa  628  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  47.85 
 
 		 731 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  46.47 
 
 		 680 aa  432  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  45.52 
 
 		 750 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  34.26 
 
 		 770 aa  425  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  46.15 
 
 		 706 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  46.41 
 
 		 706 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  45.45 
 
 		 745 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  46.38 
 
 		 696 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  43.52 
 
 		 679 aa  404  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  36.92 
 
 		 793 aa  404  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0105  penicillin-binding protein 1C  48.86 
 
 		 706 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0258  penicillin-binding protein 1C  43.77 
 
 		 699 aa  400  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6006  penicillin-binding protein 1C  45.66 
 
 		 693 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  34.15 
 
 		 766 aa  397  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3922  penicillin-binding protein  43.36 
 
 		 695 aa  395  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.731246  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  47.28 
 
 		 696 aa  395  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3446  penicillin-binding protein 1C  42.54 
 
 		 695 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0023  penicillin-binding protein 1C  48.37 
 
 		 674 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1355  glycosyl transferase family protein  48.18 
 
 		 674 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186022  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7154  penicillin-binding protein 1C  46.1 
 
 		 692 aa  389  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.334526  normal  0.789669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  37.72 
 
 		 816 aa  386  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  31.51 
 
 		 774 aa  383  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0605  penicillin-binding protein 1C  42.25 
 
 		 691 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0013  penicillin-binding protein 1C  48.66 
 
 		 674 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0471043 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1391  penicillin-binding protein 1C  45.07 
 
 		 704 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4628  penicillin-binding protein 1C  43.04 
 
 		 684 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.170087 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1671  penicillin-binding protein 1C  46.14 
 
 		 733 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.60886 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0269  penicillin-binding protein 1C  42.81 
 
 		 734 aa  375  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1396  penicillin-binding protein 1C  45.65 
 
 		 767 aa  373  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0405  penicillin-binding protein 1C  47.04 
 
 		 699 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905597  normal  0.606283 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0637  penicillin-binding protein 1C  45.66 
 
 		 683 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405443  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1733  penicillin-binding protein 1C  46.14 
 
 		 705 aa  364  3e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0777193  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0912  penicillin-binding protein 1C  46.42 
 
 		 710 aa  355  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.087359 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2772  penicillin-binding protein 1C  45.45 
 
 		 690 aa  350  7e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0164  penicillin-binding protein 1C  32.73 
 
 		 797 aa  339  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1160  penicillin-binding protein 1C  43.44 
 
 		 686 aa  335  1e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.215949  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2192  penicillin-binding protein 1C  36.94 
 
 		 794 aa  326  1e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  33.79 
 
 		 762 aa  319  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2254  penicillin-binding protein 1C, putative  38.34 
 
 		 688 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.531479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1901  glycosyl transferase family 51  38.34 
 
 		 688 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1293  penicillin-binding protein 1C  34.18 
 
 		 772 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0067  penicillin-binding protein 1C, putative  33.46 
 
 		 760 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0072  penicillin-binding protein 1C  33.54 
 
 		 760 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4282  penicillin-binding protein 1C  33.54 
 
 		 760 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0509  penicillin-binding protein 1C  32.54 
 
 		 804 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5133  penicillin-binding protein 1C  32.6 
 
 		 809 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.391992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3235  penicillin-binding protein 1C  32.6 
 
 		 809 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2143  penicillin-binding protein  33.06 
 
 		 765 aa  304  5.000000000000001e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1530  penicillin-binding protein 1C  34.85 
 
 		 764 aa  303  5.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2980  penicillin-binding protein 1C  32.77 
 
 		 787 aa  304  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3054  penicillin-binding protein 1C  32.77 
 
 		 787 aa  304  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1881  penicillin-binding protein 1C  32.77 
 
 		 787 aa  304  5.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.983342  hitchhiker  0.000428352 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1629  hypothetical protein  30.2 
 
 		 772 aa  303  9e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1635  hypothetical protein  30.18 
 
 		 775 aa  303  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5148  penicillin-binding protein 1C  31.97 
 
 		 809 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  29.94 
 
 		 734 aa  301  4e-80  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0068  penicillin-binding protein 1C  41.35 
 
 		 680 aa  300  7e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  33.16 
 
 		 719 aa  294  4e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0309  penicillin-binding protein 1C  30.86 
 
 		 792 aa  290  8e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1078  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  33.33 
 
 		 724 aa  286  1.0000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00006738  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1225  penicillin-binding protein  30.61 
 
 		 716 aa  284  4.0000000000000003e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.555971  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  31.46 
 
 		 780 aa  279  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1254  flagellar P-ring protein (basal body P-ring protein)  32.53 
 
 		 722 aa  277  6e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  35.74 
 
 		 798 aa  276  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  32.31 
 
 		 762 aa  261  3e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1842  glycosyl transferase family 51  40.08 
 
 		 782 aa  253  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0117542  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  37.29 
 
 		 779 aa  251  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1927  glycosyl transferase family 51  39.69 
 
 		 782 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0285568  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2871  1A family penicillin-binding protein  34.08 
 
 		 860 aa  232  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>