More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0728 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0728  DNA primase  100 
 
 		 631 aa  1292    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1964  DNA primase  62.82 
 
 		 632 aa  808    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.985881  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1589  DNA primase  65.93 
 
 		 633 aa  850    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.567407  normal  0.0206676 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0548  DNA primase  60.7 
 
 		 660 aa  814    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00859761  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0631  DNA primase  53.65 
 
 		 630 aa  656    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0586  DNA primase  51.91 
 
 		 632 aa  664    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.284459  normal  0.746825 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0602  DNA primase  65.18 
 
 		 636 aa  857    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  41.16 
 
 		 619 aa  348  3e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  40.77 
 
 		 599 aa  342  2e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0910  DNA primase  38.09 
 
 		 656 aa  337  3.9999999999999995e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  33.44 
 
 		 582 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  33.11 
 
 		 583 aa  326  9e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1790  DNA primase  38.18 
 
 		 704 aa  319  9e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  38.92 
 
 		 587 aa  317  4e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  39.95 
 
 		 587 aa  316  7e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  35.45 
 
 		 600 aa  315  9.999999999999999e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0927  DNA primase  38.81 
 
 		 653 aa  316  9.999999999999999e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584516  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  38.93 
 
 		 595 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06600  putative DNA primase  37.6 
 
 		 657 aa  314  2.9999999999999996e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  38.37 
 
 		 593 aa  311  2e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  40 
 
 		 584 aa  310  4e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  39.34 
 
 		 588 aa  309  8e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5973  DNA primase  37.97 
 
 		 703 aa  309  1.0000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  39.19 
 
 		 660 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  38.43 
 
 		 626 aa  306  5.0000000000000004e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  38.31 
 
 		 601 aa  304  3.0000000000000004e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  38.66 
 
 		 613 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  32.81 
 
 		 601 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  35.71 
 
 		 604 aa  301  2e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1814  DNA primase  37.34 
 
 		 673 aa  300  5e-80  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2944  DNA primase  40 
 
 		 591 aa  297  4e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0197074  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3370  DNA primase  35.05 
 
 		 674 aa  296  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0491  DNA primase  39.55 
 
 		 599 aa  295  1e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.34781  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  37.3 
 
 		 614 aa  293  4e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725747  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  36.84 
 
 		 660 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 604 aa  292  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  38.21 
 
 		 638 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  36.61 
 
 		 660 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  36.76 
 
 		 544 aa  292  1e-77  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  36.65 
 
 		 660 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0912  hypothetical protein  31.9 
 
 		 640 aa  290  4e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.121689 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  36.72 
 
 		 651 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  36.47 
 
 		 663 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  36.49 
 
 		 652 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  36.38 
 
 		 660 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6451  DNA primase  35.01 
 
 		 662 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.6099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  36.41 
 
 		 663 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  36.45 
 
 		 600 aa  287  4e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  32.36 
 
 		 598 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  32.36 
 
 		 598 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  32.36 
 
 		 598 aa  286  7e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  32.36 
 
 		 598 aa  286  7e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  32.36 
 
 		 598 aa  286  7e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000994887  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  32.36 
 
 		 598 aa  286  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  32.18 
 
 		 598 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000125124  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  38.66 
 
 		 604 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  32.18 
 
 		 598 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  37.3 
 
 		 664 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  32.36 
 
 		 571 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  35.57 
 
 		 588 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  32.73 
 
 		 598 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  35.32 
 
 		 655 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  41.62 
 
 		 599 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15911  DNA primase  37.09 
 
 		 684 aa  283  8.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  37.05 
 
 		 656 aa  281  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  34.69 
 
 		 595 aa  280  4e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  37.97 
 
 		 686 aa  280  5e-74  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1316  DNA primase  40.37 
 
 		 577 aa  280  7e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  34.54 
 
 		 595 aa  279  1e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1175  DNA primase  37.5 
 
 		 682 aa  278  2e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00198747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3785  DNA primase  37.25 
 
 		 646 aa  278  3e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3836  DNA primase  37.25 
 
 		 646 aa  278  3e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0564656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  37.25 
 
 		 613 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3522  DNA primase  35.34 
 
 		 596 aa  273  6e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884792  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6392  DNA primase  41.46 
 
 		 605 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10221  DNA primase  33.88 
 
 		 678 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.081725  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1292  DNA primase  36.08 
 
 		 694 aa  268  2.9999999999999995e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.320597 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  32.86 
 
 		 623 aa  268  2.9999999999999995e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  35.81 
 
 		 666 aa  267  5e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  43.8 
 
 		 611 aa  266  5.999999999999999e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0995  DNA primase  34.42 
 
 		 610 aa  265  2e-69  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0027576  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  31.67 
 
 		 598 aa  265  3e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  37.71 
 
 		 574 aa  264  3e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  35.36 
 
 		 584 aa  264  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  34.95 
 
 		 585 aa  263  6e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  35.6 
 
 		 584 aa  263  6.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  38.95 
 
 		 605 aa  262  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  35.96 
 
 		 588 aa  262  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1625  DNA primase  34.48 
 
 		 599 aa  262  1e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.947875 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  36.28 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  36.28 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  36.28 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  36.28 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  36.28 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0313  DNA primase  35.85 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  36.68 
 
 		 574 aa  262  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  36.28 
 
 		 581 aa  262  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  36.68 
 
 		 574 aa  261  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  36.68 
 
 		 574 aa  261  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  36.28 
 
 		 581 aa  261  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>