More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0666 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 734 aa  656    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.81 
 
 		 711 aa  656    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.99 
 
 		 696 aa  650    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.48 
 
 		 733 aa  689    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.5 
 
 		 697 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  86.36 
 
 		 736 aa  1306    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.76 
 
 		 743 aa  666    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.09 
 
 		 711 aa  659    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.97 
 
 		 701 aa  642    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.3 
 
 		 691 aa  652    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.31 
 
 		 758 aa  643    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 711 aa  656    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.25 
 
 		 714 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.53 
 
 		 705 aa  641    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 		 704 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.44 
 
 		 714 aa  692    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.75 
 
 		 702 aa  656    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 728 aa  667    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.58 
 
 		 714 aa  693    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.59 
 
 		 702 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 705 aa  648    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 704 aa  649    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.07 
 
 		 696 aa  689    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.9 
 
 		 699 aa  662    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.74 
 
 		 700 aa  659    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.48 
 
 		 713 aa  685    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.3 
 
 		 717 aa  666    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.86 
 
 		 715 aa  674    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 705 aa  648    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.07 
 
 		 702 aa  655    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.48 
 
 		 706 aa  641    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.52 
 
 		 718 aa  680    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 		 711 aa  653    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 711 aa  655    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.16 
 
 		 695 aa  669    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.74 
 
 		 700 aa  659    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 		 716 aa  637    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.39 
 
 		 699 aa  696    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.16 
 
 		 700 aa  648    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  79.53 
 
 		 732 aa  1196    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.02 
 
 		 722 aa  636    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  82.78 
 
 		 728 aa  1256    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.25 
 
 		 705 aa  641    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 697 aa  679    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.74 
 
 		 703 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 		 701 aa  636    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 703 aa  665    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.75 
 
 		 727 aa  635    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.87 
 
 		 740 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.21 
 
 		 701 aa  642    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.31 
 
 		 708 aa  641    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.3 
 
 		 700 aa  649    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 711 aa  655    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.97 
 
 		 749 aa  679    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.35 
 
 		 718 aa  675    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 712 aa  662    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 711 aa  656    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.24 
 
 		 722 aa  690    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 		 722 aa  663    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.1 
 
 		 715 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.61 
 
 		 714 aa  655    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.15 
 
 		 704 aa  668    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.28 
 
 		 711 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 		 701 aa  654    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.35 
 
 		 722 aa  673    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.03 
 
 		 707 aa  642    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.2 
 
 		 748 aa  674    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 720 aa  667    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.02 
 
 		 710 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0725  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.82 
 
 		 701 aa  635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.959792  normal  0.0305384 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 815 aa  647    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.16 
 
 		 745 aa  669    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.19 
 
 		 711 aa  635    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.7 
 
 		 730 aa  682    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.99 
 
 		 696 aa  650    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.81 
 
 		 705 aa  648    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.82 
 
 		 703 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.21 
 
 		 715 aa  679    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.52 
 
 		 717 aa  655    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.44 
 
 		 698 aa  650    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.58 
 
 		 699 aa  672    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.3 
 
 		 713 aa  646    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.88 
 
 		 725 aa  660    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.04 
 
 		 699 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.18 
 
 		 699 aa  663    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.43 
 
 		 720 aa  658    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.88 
 
 		 698 aa  652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.95 
 
 		 739 aa  657    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.44 
 
 		 710 aa  658    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.3 
 
 		 752 aa  669    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.97 
 
 		 701 aa  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 		 716 aa  637    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.52 
 
 		 700 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 		 716 aa  644    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 		 699 aa  638    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.91 
 
 		 701 aa  653    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.76 
 
 		 699 aa  657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 706 aa  661    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.32 
 
 		 732 aa  1224    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 		 736 aa  645    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>