More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0639 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
142 aa  294  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  61.27 
 
 
145 aa  191  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  60.87 
 
 
143 aa  189  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  61.59 
 
 
145 aa  187  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  59.42 
 
 
152 aa  186  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  61.48 
 
 
149 aa  185  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  60.74 
 
 
149 aa  184  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  59.42 
 
 
143 aa  184  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  59.26 
 
 
149 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  60.29 
 
 
142 aa  179  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  58.82 
 
 
157 aa  178  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  56.52 
 
 
143 aa  174  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  54.35 
 
 
143 aa  174  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  55.8 
 
 
148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  53.19 
 
 
146 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  55.07 
 
 
143 aa  169  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  52.31 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  50 
 
 
151 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  56.25 
 
 
141 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  48.76 
 
 
141 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  46.97 
 
 
144 aa  128  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  46.21 
 
 
144 aa  128  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  46.97 
 
 
144 aa  128  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  47.1 
 
 
149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  48 
 
 
141 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  48 
 
 
141 aa  126  8.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  45.19 
 
 
147 aa  125  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  44.78 
 
 
147 aa  124  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  44.36 
 
 
145 aa  124  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  44.7 
 
 
158 aa  125  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  45.86 
 
 
144 aa  123  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  46.88 
 
 
151 aa  122  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  43.94 
 
 
145 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  43.94 
 
 
144 aa  119  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  42.15 
 
 
139 aa  107  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  39.84 
 
 
143 aa  85.5  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  39.84 
 
 
692 aa  83.6  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  35.34 
 
 
732 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
921 aa  75.5  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.627886  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
1313 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  35.29 
 
 
965 aa  74.7  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
352 aa  74.3  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
398 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
851 aa  73.9  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 
654 aa  72.4  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
1721 aa  72.4  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  30.88 
 
 
495 aa  71.2  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.07 
 
 
921 aa  70.9  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  30.15 
 
 
1589 aa  70.9  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.97 
 
 
898 aa  70.5  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.03 
 
 
648 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.22 
 
 
1248 aa  70.1  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
534 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
874 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
698 aa  68.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  32.8 
 
 
684 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
948 aa  68.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  31.62 
 
 
1969 aa  68.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.7 
 
 
695 aa  68.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
654 aa  68.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 
671 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  28.17 
 
 
452 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  32.82 
 
 
515 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
1568 aa  66.2  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0094  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
621 aa  66.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.51 
 
 
458 aa  66.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
527 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  36.92 
 
 
1119 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  30.77 
 
 
1154 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 
881 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
979 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
807 aa  65.1  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
1158 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
557 aa  65.1  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
526 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2140  fused multi-sensor protein  31.2 
 
 
882 aa  64.3  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.236911  normal  0.359885 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
446 aa  63.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
462 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
462 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
608 aa  63.5  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
705 aa  63.5  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
509 aa  63.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
807 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.309689  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
739 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
781 aa  62.8  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4175  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1083 aa  63.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
524 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  33.86 
 
 
680 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
665 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  33.86 
 
 
619 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
718 aa  63.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.09 
 
 
2213 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  33.86 
 
 
680 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
637 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
499 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
379 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  33.07 
 
 
687 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 
1088 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  29.92 
 
 
721 aa  62  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
634 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>