More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4005 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.95 
 
 		 795 aa  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 801 aa  1595    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  60.21 
 
 		 795 aa  849    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5127  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  61.2 
 
 		 799 aa  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  61.31 
 
 		 799 aa  906    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.75 
 
 		 795 aa  860    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60.08 
 
 		 795 aa  867    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  63.17 
 
 		 797 aa  914    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  53.08 
 
 		 671 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  53.52 
 
 		 670 aa  429  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.32 
 
 		 1168 aa  295  3e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  36.18 
 
 		 493 aa  252  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 546 aa  214  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6236  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 		 553 aa  205  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 		 526 aa  205  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  36.93 
 
 		 492 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  36.93 
 
 		 463 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  36.93 
 
 		 492 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  36.93 
 
 		 492 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  36.93 
 
 		 492 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 		 748 aa  196  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  36.93 
 
 		 463 aa  195  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  36.93 
 
 		 492 aa  195  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 		 541 aa  194  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 		 541 aa  194  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  36.39 
 
 		 463 aa  191  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 		 490 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  31.66 
 
 		 515 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1399  PAS  43.39 
 
 		 683 aa  178  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.04458 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.66 
 
 		 671 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.773791  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  42.38 
 
 		 1809 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1988  putative signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 		 479 aa  172  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00146198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3482  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 489 aa  171  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.063872  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1334  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  34.32 
 
 		 314 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.25 
 
 		 692 aa  165  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  33.16 
 
 		 1101 aa  165  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 1229 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1573  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  42.59 
 
 		 373 aa  164  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.28 
 
 		 665 aa  164  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.163996  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  33.42 
 
 		 1226 aa  164  9e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  41.53 
 
 		 619 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  41.53 
 
 		 680 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  41.53 
 
 		 680 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.3 
 
 		 707 aa  161  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.3 
 
 		 684 aa  160  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  40.87 
 
 		 687 aa  160  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4001  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.32 
 
 		 700 aa  160  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.32 
 
 		 700 aa  160  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5988  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.14 
 
 		 700 aa  160  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.08 
 
 		 703 aa  159  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6313  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.08 
 
 		 448 aa  159  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 		 370 aa  159  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.96 
 
 		 703 aa  158  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658025  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1851  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.37 
 
 		 450 aa  157  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0848  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 363 aa  153  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 473 aa  152  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  41.77 
 
 		 740 aa  150  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1401  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 		 384 aa  150  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  41.81 
 
 		 575 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  41.81 
 
 		 575 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  41.81 
 
 		 575 aa  149  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.62 
 
 		 595 aa  147  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4393  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.89 
 
 		 582 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2159  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.56 
 
 		 439 aa  146  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0525823 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4526  histidine kinase  44.89 
 
 		 582 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.218354 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 509 aa  146  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1092  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 493 aa  145  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.614695 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0092  histidine kinase  40.35 
 
 		 461 aa  144  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3793  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 		 373 aa  144  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.62 
 
 		 594 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1596  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 		 420 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310205  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 598 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 		 596 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  41.28 
 
 		 598 aa  142  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 		 366 aa  140  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1453  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 673 aa  140  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3495  signal transduction histidine kinase-like protein  41.48 
 
 		 410 aa  139  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0736574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3924  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 363 aa  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.278559  hitchhiker  0.00726573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4515  two-component regulatory system sensory histidine kinase  36.84 
 
 		 383 aa  139  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0377261  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  37.45 
 
 		 458 aa  138  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.06 
 
 		 770 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3067  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 		 373 aa  137  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 		 462 aa  137  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 		 462 aa  137  9e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4381  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 		 372 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1701  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 		 521 aa  136  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0476  histidine kinase  40.09 
 
 		 464 aa  137  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.72 
 
 		 468 aa  136  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2171  histidine kinase  43.12 
 
 		 594 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0754  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 		 384 aa  134  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.961024  normal  0.0913306 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0289  transmembrane sensor kinase vsrA transcription regulator protein  39.23 
 
 		 474 aa  134  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.79349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 		 385 aa  134  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 		 484 aa  134  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0729257  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 412 aa  134  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.91 
 
 		 359 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0817  signal transduction histidine kinase, glucose-6-phosphate specific  39.56 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000394288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 		 395 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1608  histidine kinase  37.5 
 
 		 565 aa  132  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  41.83 
 
 		 772 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0150  histidine kinase  38.28 
 
 		 485 aa  131  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>