41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2582 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  100 
 
 		 370 aa  753    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  35.92 
 
 		 417 aa  125  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  35.2 
 
 		 274 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  35.56 
 
 		 223 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  35.56 
 
 		 229 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  33.05 
 
 		 222 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  35.56 
 
 		 223 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  31.53 
 
 		 223 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  30.77 
 
 		 223 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  31.78 
 
 		 222 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  33.62 
 
 		 227 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  30.24 
 
 		 231 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  30.24 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  29.91 
 
 		 222 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  30.37 
 
 		 1556 aa  94  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  31.36 
 
 		 226 aa  87  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.95 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  29.08 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  29.79 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  26.83 
 
 		 611 aa  75.9  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.57 
 
 		 524 aa  73.9  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  31.16 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  27.5 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  25.23 
 
 		 530 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  26.85 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3316  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  43.9 
 
 		 692 aa  57  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  25 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4498  Ig family protein  36.08 
 
 		 1232 aa  56.6  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  24.55 
 
 		 310 aa  54.7  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.8 
 
 		 1554 aa  54.7  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0115  putative hemagglutinin-related protein  43.59 
 
 		 1672 aa  54.7  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03554  hemagglutinin-like protein  40.74 
 
 		 1222 aa  52.8  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  23.17 
 
 		 375 aa  51.2  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5260  hypothetical protein  31.03 
 
 		 1879 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1128  hypothetical protein  41.98 
 
 		 3911 aa  47  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1552  Ig family protein  37.5 
 
 		 1544 aa  46.2  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  24.3 
 
 		 258 aa  46.2  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  22.75 
 
 		 367 aa  45.4  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3185  Ig family protein  29.7 
 
 		 1129 aa  45.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3640  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.62 
 
 		 1673 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0638  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31 
 
 		 878 aa  45.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>