More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0839 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 300 aa  584  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  87.58 
 
 		 308 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.96 
 
 		 308 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  89.26 
 
 		 303 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.63 
 
 		 308 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  88.93 
 
 		 303 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.63 
 
 		 308 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.29 
 
 		 308 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  86.96 
 
 		 303 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  86.62 
 
 		 303 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12500  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  79.25 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0323482  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  66.55 
 
 		 304 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  67.45 
 
 		 305 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.44 
 
 		 305 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.5 
 
 		 305 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.15 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.15 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.15 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.380903 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.68 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.5 
 
 		 305 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.15 
 
 		 305 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  70.21 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.472877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0222  dipeptide transport system permease protein  69.86 
 
 		 305 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 		 304 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  66.08 
 
 		 300 aa  363  1e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.08 
 
 		 300 aa  363  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.08 
 
 		 300 aa  362  4e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  65.72 
 
 		 300 aa  362  4e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0439  dipeptide transport system permease protein  69.15 
 
 		 305 aa  358  7e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.760641  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0258  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  69.15 
 
 		 313 aa  358  7e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0245  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  69.15 
 
 		 313 aa  358  7e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.91 
 
 		 325 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  64.31 
 
 		 302 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.29 
 
 		 296 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.77 
 
 		 302 aa  355  3.9999999999999996e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.88 
 
 		 302 aa  355  5e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.6 
 
 		 302 aa  353  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  63.38 
 
 		 300 aa  351  7e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  65.71 
 
 		 303 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  63.73 
 
 		 299 aa  348  6e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.21 
 
 		 303 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  63.25 
 
 		 293 aa  345  7e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  61.97 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.94 
 
 		 296 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 		 311 aa  339  2.9999999999999998e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 		 303 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4008  dipeptide transporter  63.38 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3948  dipeptide transporter  63.38 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3840  dipeptide transporter  63.38 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3904  dipeptide transporter  63.38 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.247194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  63.38 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0140  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  329  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0186  dipeptide transporter  63.03 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal  0.704815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4073  dipeptide transporter  61.97 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4058  dipeptide transporter  61.97 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0090  dipeptide transporter  61.97 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.448882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0173  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03393  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3741  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4910  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3861  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03344  hypothetical protein  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4034  dipeptide transporter  62.68 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0051  dipeptide transporter  61.97 
 
 		 300 aa  318  9e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.644242  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3989  dipeptide transporter  60.92 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  55.44 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.68 
 
 		 304 aa  295  6e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.14 
 
 		 303 aa  287  1e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 		 296 aa  269  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 		 299 aa  262  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.21 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.208086  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 		 299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 		 287 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1233  peptide ABC transporter, permease protein  45.96 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.2 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010262 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 		 296 aa  242  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 		 296 aa  241  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.170026 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0757763  hitchhiker  0.0000231054 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3777  peptide ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 281 aa  238  5.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 		 299 aa  238  6.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.52 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.15 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00863619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.162535  normal  0.0684002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  46.98 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2582  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 		 319 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 		 309 aa  235  8e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1803  peptide ABC transporter, permease protein  46.43 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 		 280 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.381943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.16 
 
 		 312 aa  233  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>