More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0396 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
303 aa  583  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.63 
 
 
304 aa  464  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.89 
 
 
303 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.32 
 
 
302 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.43 
 
 
303 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  79.64 
 
 
303 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  68.68 
 
 
300 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  68.33 
 
 
300 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.33 
 
 
300 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  64.69 
 
 
304 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.07 
 
 
296 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.18 
 
 
325 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
300 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.86 
 
 
308 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
308 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
300 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.21 
 
 
308 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.21 
 
 
308 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.21 
 
 
308 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  64.56 
 
 
303 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.21 
 
 
303 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  62.63 
 
 
303 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.07 
 
 
296 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.64 
 
 
311 aa  362  4e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  64.31 
 
 
300 aa  360  1e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  61.95 
 
 
303 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.07 
 
 
302 aa  359  4e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.92 
 
 
302 aa  358  7e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  62.28 
 
 
302 aa  358  7e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  63.57 
 
 
299 aa  355  5e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  353  2e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  61.21 
 
 
293 aa  344  1e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.35 
 
 
305 aa  344  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.4 
 
 
305 aa  344  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0140  dipeptide transporter  61.39 
 
 
300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  60.4 
 
 
305 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.99 
 
 
305 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0186  dipeptide transporter  63.41 
 
 
300 aa  339  2.9999999999999998e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal  0.704815 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3840  dipeptide transporter  61.39 
 
 
300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3904  dipeptide transporter  61.39 
 
 
300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.247194  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4008  dipeptide transporter  61.39 
 
 
300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3948  dipeptide transporter  61.39 
 
 
300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  61.39 
 
 
300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.380903 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03393  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0173  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03344  hypothetical protein  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3741  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4910  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3861  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4034  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  332  4e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  58.16 
 
 
301 aa  331  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0051  dipeptide transporter  63.64 
 
 
300 aa  329  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.644242  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4058  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0090  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.448882  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4073  dipeptide transporter  62.59 
 
 
300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3989  dipeptide transporter  61.54 
 
 
298 aa  328  8e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0222  dipeptide transport system permease protein  62.99 
 
 
305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
305 aa  326  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
305 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12500  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  66.32 
 
 
299 aa  322  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0323482  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  62.28 
 
 
305 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.472877  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0439  dipeptide transport system permease protein  62.28 
 
 
305 aa  314  9e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.760641  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0258  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  62.28 
 
 
313 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0245  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  62.28 
 
 
313 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
304 aa  277  1e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0339245 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.34 
 
 
299 aa  271  9e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 
296 aa  271  9e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.208086  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.08 
 
 
303 aa  270  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
304 aa  269  4e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
287 aa  265  5e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.35 
 
 
317 aa  265  5.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
296 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00863619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
296 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1233  peptide ABC transporter, permease protein  46.98 
 
 
296 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
296 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.162535  normal  0.0684002 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3777  peptide ABC transporter, permease protein  47.86 
 
 
281 aa  260  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47 
 
 
296 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
296 aa  260  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010262 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.72 
 
 
280 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
309 aa  259  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
296 aa  258  6e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.87 
 
 
299 aa  258  7e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
296 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0757763  hitchhiker  0.0000231054 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2582  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
296 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
296 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.170026 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
296 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
280 aa  257  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
296 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.381943  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
296 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
296 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.45 
 
 
319 aa  256  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
312 aa  255  8e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1803  peptide ABC transporter, permease protein  48.39 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  44.7 
 
 
867 aa  253  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
294 aa  249  3e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>