More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1551 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 363 aa  753    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  51.62 
 
 		 368 aa  358  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  41.19 
 
 		 359 aa  263  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  38.78 
 
 		 354 aa  234  3e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  37.13 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  35.89 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.46 
 
 		 360 aa  215  8e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  36.84 
 
 		 365 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.07 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 		 360 aa  212  7e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 		 375 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  34.79 
 
 		 364 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 		 396 aa  211  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  35.06 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  35.16 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  36.79 
 
 		 360 aa  210  3e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  37.28 
 
 		 366 aa  210  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  37.01 
 
 		 346 aa  209  6e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  35.44 
 
 		 345 aa  208  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  38.23 
 
 		 382 aa  208  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  35.48 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  34.59 
 
 		 353 aa  206  6e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 364 aa  205  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  36.67 
 
 		 350 aa  205  9e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.03 
 
 		 345 aa  205  9e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  37.31 
 
 		 366 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.36 
 
 		 374 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 		 396 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  35.44 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 369 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  35.85 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  36.04 
 
 		 357 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  36.89 
 
 		 357 aa  203  4e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  36.51 
 
 		 342 aa  202  5e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 		 368 aa  203  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 		 354 aa  202  6e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  37.09 
 
 		 365 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  38.56 
 
 		 387 aa  202  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  38.56 
 
 		 387 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 		 366 aa  202  8e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 		 374 aa  202  8e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 373 aa  202  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 367 aa  202  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 		 366 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 		 366 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  34.62 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 		 387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.3 
 
 		 367 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  35.81 
 
 		 358 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.93 
 
 		 367 aa  199  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 		 363 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  38.39 
 
 		 371 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 		 370 aa  199  7.999999999999999e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 357 aa  199  7.999999999999999e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 357 aa  199  7.999999999999999e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  34.93 
 
 		 367 aa  199  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.54 
 
 		 357 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  37.38 
 
 		 365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  34.28 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.93 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.07 
 
 		 369 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 		 350 aa  196  6e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.51 
 
 		 369 aa  196  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  35.65 
 
 		 350 aa  195  9e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  35.29 
 
 		 356 aa  195  9e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  33.42 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  33.23 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.04 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 		 367 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 364 aa  193  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 		 366 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  34.9 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 367 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  34.95 
 
 		 371 aa  192  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.33 
 
 		 369 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  36.88 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.86 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.39 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.11 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  34.01 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  36.88 
 
 		 367 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 374 aa  190  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 371 aa  189  4e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  35 
 
 		 368 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>