More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0779 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  706    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  57.18 
 
 		 340 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 		 343 aa  302  4.0000000000000003e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  42.9 
 
 		 344 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 340 aa  265  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 		 342 aa  266  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  40.41 
 
 		 340 aa  261  8.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 		 334 aa  259  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  38.69 
 
 		 388 aa  258  8e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  39.88 
 
 		 343 aa  258  9e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  39.52 
 
 		 340 aa  255  6e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.27 
 
 		 336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  38.15 
 
 		 354 aa  248  8e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  37.17 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  37.99 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  36.69 
 
 		 343 aa  226  4e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  35.33 
 
 		 354 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.8 
 
 		 348 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.43 
 
 		 344 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  34.91 
 
 		 343 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 339 aa  212  7e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 340 aa  212  9e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 353 aa  211  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 339 aa  210  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 355 aa  209  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  36.61 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.46 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 341 aa  202  9.999999999999999e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.94 
 
 		 343 aa  202  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.05 
 
 		 335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  32.43 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.34 
 
 		 336 aa  196  6e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.94 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.29 
 
 		 341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 338 aa  188  9e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 		 341 aa  186  4e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.73 
 
 		 330 aa  183  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.12 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  34.94 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.33 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 		 348 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.05 
 
 		 347 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 336 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 333 aa  179  8e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 353 aa  178  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 346 aa  178  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 329 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 391 aa  176  5e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 		 337 aa  176  8e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 		 337 aa  175  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 346 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.72 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 346 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 348 aa  175  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.61 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 336 aa  172  6.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.82 
 
 		 340 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  30.82 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.53 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.93 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.53 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.53 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.53 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.53 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  32.53 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.53 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.74 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>