More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4878 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 317 aa  632  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.99 
 
 		 319 aa  343  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2875  pyruvate carboxyltransferase  46.31 
 
 		 329 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.755928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2358  pyruvate carboxyltransferase  46.98 
 
 		 324 aa  275  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.697342  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0816  pyruvate carboxyltransferase  46.96 
 
 		 304 aa  275  9e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.722196 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0401  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  50 
 
 		 309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1652  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.99 
 
 		 326 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  49.66 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  50.87 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4250  pyruvate carboxyltransferase  48.61 
 
 		 315 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  44.33 
 
 		 314 aa  266  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0762  pyruvate carboxyltransferase  48.99 
 
 		 327 aa  267  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5024  pyruvate carboxyltransferase  44.44 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.480683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0124  pyruvate carboxyltransferase  44.41 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944301 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2871  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.51 
 
 		 327 aa  266  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  46.74 
 
 		 318 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.89 
 
 		 299 aa  265  8e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2729  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.52 
 
 		 336 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1472  pyruvate carboxyltransferase  44.03 
 
 		 321 aa  262  4.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0293  pyruvate carboxyltransferase  44.52 
 
 		 332 aa  262  6e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0026  pyruvate carboxyltransferase  46.51 
 
 		 303 aa  261  8.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25990  HMG-CoA lyase-like protein  46.18 
 
 		 312 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1315  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.93 
 
 		 308 aa  258  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3267  pyruvate carboxyltransferase  44 
 
 		 327 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0594  pyruvate carboxyltransferase  49.66 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.528974 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0367  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.52 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.128401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0543  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.52 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  47.52 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1213  pyruvate carboxyltransferase  45.33 
 
 		 320 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1692  pyruvate carboxyltransferase  45.33 
 
 		 320 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4853  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.08 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0316835 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0873  pyruvate carboxyltransferase  42.27 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.000000000264563  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4037  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.52 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.588205  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1664  pyruvate carboxyltransferase  45.08 
 
 		 320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4905  pyruvate carboxyltransferase  47.22 
 
 		 308 aa  252  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41695  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5035  pyruvate carboxyltransferase  48.63 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0313  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.45 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2053  pyruvate carboxyltransferase  43.51 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00230012  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1303  pyruvate carboxyltransferase  45.86 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.254964  hitchhiker  0.0013896 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0032  pyruvate carboxyltransferase  46.84 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.91 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0049  pyruvate carboxyltransferase  46.94 
 
 		 304 aa  248  8e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1554  pyruvate carboxyltransferase  44.75 
 
 		 325 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2810  pyruvate carboxyltransferase  46.37 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.631686  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4162  pyruvate carboxyltransferase  48.11 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2932  pyruvate carboxyltransferase  46.37 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.991309 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.11 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1442  pyruvate carboxyltransferase  41.75 
 
 		 331 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306479  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1378  pyruvate carboxyltransferase  41.41 
 
 		 331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.869565  normal  0.11843 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2955  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.43 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2107  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.18 
 
 		 326 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483824  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2536  pyruvate carboxyltransferase  46.37 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1600  pyruvate carboxyltransferase  44.67 
 
 		 320 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4125  pyruvate carboxyltransferase  45.97 
 
 		 313 aa  242  6e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4199  pyruvate carboxyltransferase  46.39 
 
 		 308 aa  242  7e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.380986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2384  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.3 
 
 		 299 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3506  pyruvate carboxyltransferase  41.1 
 
 		 315 aa  241  9e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2773  pyruvate carboxyltransferase  45.49 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2870  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.43 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.534298  normal  0.868536 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3092  pyruvate carboxyltransferase  43.45 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0956436  normal  0.0987671 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2345  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.26 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.511724  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3007  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.07 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.868623  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2959  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.26 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.504237  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1622  pyruvate carboxyltransferase  44 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2802  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2234  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.3 
 
 		 299 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49510  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.33 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00876047  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2980  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.07 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6309  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.07 
 
 		 310 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4270  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  46.67 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3494  pyruvate carboxyltransferase  44.19 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.243466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2658  pyruvate carboxyltransferase  42.96 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.675009  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1358  pyruvate carboxyltransferase  44.14 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.849399  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3540  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.96 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.42 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2358  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.42 
 
 		 303 aa  235  6e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1943  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.76 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483934  hitchhiker  0.000417953 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2731  pyruvate carboxyltransferase  44.84 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2029  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.27 
 
 		 299 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0062803  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3278  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.26 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.42 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2551  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.694334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000381  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  40.77 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2606  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.38 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.185638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2330  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.72 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3654  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.41 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0630119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2780  pyruvate carboxyltransferase  42.76 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal  0.241199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0440  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.93 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1454  pyruvate carboxyltransferase  42.27 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2124  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.5 
 
 		 326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.365673  normal  0.426986 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2166  pyruvate carboxyltransferase  43.33 
 
 		 315 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349965  normal  0.754969 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0165  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.33 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2398  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  42.86 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0233  pyruvate carboxyltransferase  47.51 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0753  pyruvate carboxyltransferase  43.64 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.96 
 
 		 729 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>