82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4743 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4743  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 573 aa  1126    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258371  normal  0.341295 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3999  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.74 
 
 		 568 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.121283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4612  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.25 
 
 		 244 aa  72  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  27.4 
 
 		 486 aa  64.3  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4354  hypothetical protein  30.71 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1332  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.9 
 
 		 824 aa  60.5  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.03 
 
 		 596 aa  59.7  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3106  peptidoglycan binding domain-containing protein  39.22 
 
 		 159 aa  57.8  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  48.33 
 
 		 448 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  47.54 
 
 		 438 aa  55.1  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  43.94 
 
 		 440 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  46.67 
 
 		 448 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0669  peptidoglycan binding domain-containing protein  54.76 
 
 		 465 aa  53.5  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3994  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.14 
 
 		 266 aa  52.4  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  46.03 
 
 		 438 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  44.83 
 
 		 381 aa  52.8  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  46.03 
 
 		 438 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  46.03 
 
 		 438 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  50 
 
 		 430 aa  52  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4521  caspase-like domain-containing protein  26.7 
 
 		 798 aa  52  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  45.16 
 
 		 417 aa  51.6  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3842  hypothetical protein  24.83 
 
 		 616 aa  51.2  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.360861 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  45.16 
 
 		 419 aa  51.2  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  30.26 
 
 		 576 aa  51.2  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  45.9 
 
 		 438 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  47.92 
 
 		 413 aa  50.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  47.92 
 
 		 462 aa  50.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3182  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  38.04 
 
 		 1026 aa  50.4  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.740099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  40.32 
 
 		 396 aa  50.1  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  40.28 
 
 		 418 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  30.89 
 
 		 401 aa  50.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 406 aa  50.1  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  44.78 
 
 		 413 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1011  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.17 
 
 		 718 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.114785 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4719  putative adenylate/guanylate cyclase  36.47 
 
 		 312 aa  49.7  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.742577 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  44.07 
 
 		 370 aa  49.3  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  43.55 
 
 		 421 aa  49.7  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0025  peptidoglycan binding domain-containing protein  48 
 
 		 1261 aa  48.9  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.861527  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  45.76 
 
 		 445 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  43.55 
 
 		 429 aa  48.5  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4194  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.23 
 
 		 528 aa  48.9  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0290  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  42.25 
 
 		 776 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.106858  hitchhiker  0.00955586 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  42.37 
 
 		 413 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  47.92 
 
 		 411 aa  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2412  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.61 
 
 		 1557 aa  48.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0894  peptidoglycan-binding domain 1 protein  38.27 
 
 		 457 aa  48.1  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0960  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.22 
 
 		 862 aa  47.4  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.355322  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1880  hypothetical protein  43.1 
 
 		 519 aa  47.4  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  37.78 
 
 		 589 aa  47.4  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  44.26 
 
 		 445 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0052  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  53.06 
 
 		 346 aa  47  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.246037  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2632  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.54 
 
 		 116 aa  46.2  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  41.94 
 
 		 454 aa  47  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  41.38 
 
 		 445 aa  46.6  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  45.1 
 
 		 434 aa  47  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  46.94 
 
 		 443 aa  47  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 327 aa  46.2  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0529  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.1 
 
 		 519 aa  47  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0822  peptidoglycan-binding protein, putative  36.92 
 
 		 913 aa  45.8  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.274618  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  39.66 
 
 		 433 aa  46.2  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0458  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.38 
 
 		 1012 aa  46.2  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  39.68 
 
 		 410 aa  45.4  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0024  lytic murein transglycosylase  42 
 
 		 419 aa  45.4  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0771  putative peptidoglycan-binding protein  36.92 
 
 		 978 aa  45.4  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00367817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1188  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 321 aa  44.7  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5502  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  36.84 
 
 		 813 aa  44.7  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0033  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.98 
 
 		 346 aa  44.7  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259592  normal  0.110455 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0137  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  33.7 
 
 		 915 aa  44.7  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.193132  normal  0.854443 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  38.98 
 
 		 412 aa  44.3  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0920  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.23 
 
 		 680 aa  44.3  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.800014 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  43.1 
 
 		 389 aa  43.9  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5030  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.84 
 
 		 479 aa  44.3  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0195468 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  46.67 
 
 		 416 aa  44.3  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0607  cell wall hydrolase, SleB  55 
 
 		 236 aa  43.9  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7330  cell wall hydrolase/autolysin  52.78 
 
 		 409 aa  44.3  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.680147  normal  0.468389 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4048  hypothetical protein  50 
 
 		 479 aa  43.9  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.422059  normal  0.0578992 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0893  peptidoglycan-binding domain 1 protein  44 
 
 		 430 aa  43.9  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.412419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  40.74 
 
 		 395 aa  43.9  0.009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4073  lytic murein transglycosylase  35 
 
 		 423 aa  43.9  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  47.92 
 
 		 425 aa  43.9  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  31.65 
 
 		 395 aa  43.5  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7203  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.08 
 
 		 859 aa  43.5  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0476078 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>