More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4555 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4555  response regulator receiver protein  100 
 
 		 123 aa  242  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4210  response regulator receiver protein  81.67 
 
 		 123 aa  194  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00926762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0504  response regulator receiver protein  71.79 
 
 		 129 aa  173  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0548558  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0573  response regulator receiver protein  70.09 
 
 		 129 aa  169  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.087024  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2226  response regulator receiver protein  70.09 
 
 		 129 aa  169  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.561592  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  45.69 
 
 		 122 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 125 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  44.92 
 
 		 123 aa  107  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  44.92 
 
 		 122 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  44.92 
 
 		 122 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 125 aa  103  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  42.74 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0747  response regulator receiver protein  43.55 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  45.69 
 
 		 124 aa  101  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  49.07 
 
 		 186 aa  101  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2029  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 124 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.371136 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  43.97 
 
 		 132 aa  99.4  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0237  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 124 aa  99.4  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000555979 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1786  response regulator receiver protein  47.86 
 
 		 120 aa  98.6  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00311899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 230 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 230 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 230 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1406  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 121 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0894387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 121 aa  93.6  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  39.5 
 
 		 229 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1751  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 234 aa  92  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  43.7 
 
 		 123 aa  92  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.12 
 
 		 243 aa  92.8  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 231 aa  91.3  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  43.59 
 
 		 226 aa  90.9  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 		 230 aa  90.9  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.13 
 
 		 231 aa  90.5  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 237 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0880  two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 236 aa  89.7  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 282 aa  89.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  39.42 
 
 		 123 aa  89.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 222 aa  89  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 231 aa  88.6  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  41.74 
 
 		 224 aa  88.6  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 231 aa  88.6  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 234 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  41.53 
 
 		 233 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 231 aa  87.8  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.62 
 
 		 227 aa  88.2  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 272 aa  87.8  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1509  response regulator receiver protein  42.59 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 229 aa  87.8  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2250  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.84 
 
 		 231 aa  87.8  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  32.76 
 
 		 170 aa  87.4  6e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  41.18 
 
 		 247 aa  87.4  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 237 aa  87.4  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 235 aa  87  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 235 aa  87  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 247 aa  87  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 233 aa  87  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 233 aa  87  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  40.18 
 
 		 227 aa  86.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  40.18 
 
 		 227 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  36.07 
 
 		 1343 aa  86.7  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  40.18 
 
 		 227 aa  86.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  43.09 
 
 		 229 aa  86.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 242 aa  86.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.13 
 
 		 232 aa  86.7  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 233 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 233 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 383 aa  86.7  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 243 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 228 aa  86.3  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.14 
 
 		 236 aa  86.3  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  38.18 
 
 		 227 aa  85.5  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0772  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.04 
 
 		 233 aa  85.5  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 242 aa  85.5  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 221 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  85.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0766  two component signal transduction response regulator  37.5 
 
 		 121 aa  85.9  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.87435e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 390 aa  85.9  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 236 aa  85.5  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  39.66 
 
 		 232 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 236 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 228 aa  85.9  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01481  two-component response regulator  41.96 
 
 		 248 aa  85.1  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 234 aa  85.5  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 223 aa  85.1  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1316  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 232 aa  84.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2464  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.02 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 227 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 226 aa  85.1  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 226 aa  84.3  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 237 aa  84.7  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 232 aa  84.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.66 
 
 		 226 aa  84.3  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 227 aa  84.7  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1701  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.81 
 
 		 236 aa  84.7  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  34.71 
 
 		 121 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  38.66 
 
 		 226 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 227 aa  84.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.12 
 
 		 236 aa  84  6e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>