More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0218 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0218  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  59.24 
 
 		 260 aa  287  8e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 232 aa  261  8.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1007  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 		 233 aa  237  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.86 
 
 		 242 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3419  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 242 aa  225  6e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 241 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.28 
 
 		 245 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 		 251 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 248 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3071  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 238 aa  218  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000985444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 243 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.85 
 
 		 242 aa  215  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.85 
 
 		 242 aa  215  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 277 aa  214  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.44 
 
 		 233 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 237 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 272 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001205  DNA-binding response regulator  46.12 
 
 		 243 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.19 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.66 
 
 		 244 aa  209  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 253 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 		 253 aa  208  6e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1173  two component transcriptional regulator  45.73 
 
 		 266 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.761417  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 232 aa  205  4e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04992  positive response regulator for pho regulon  44.83 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  41.77 
 
 		 239 aa  202  3e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  41.77 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  41.77 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  41.77 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  41.77 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  41.77 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 231 aa  202  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  41.77 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  42.86 
 
 		 239 aa  201  7e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  42.86 
 
 		 239 aa  201  7e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 238 aa  201  7e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 239 aa  201  8e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 233 aa  200  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  41.23 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  42.54 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  42.54 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  42.54 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  42.54 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 235 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 235 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 237 aa  195  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  42.11 
 
 		 237 aa  195  6e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  44.16 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  195  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 237 aa  194  8.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  45.22 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  44.26 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  45.02 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  44.26 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.68 
 
 		 225 aa  192  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2729  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981161  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1529  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  44.92 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  41.81 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 233 aa  192  5e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 227 aa  191  6e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.02 
 
 		 225 aa  191  6e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.26 
 
 		 246 aa  191  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  41.45 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 245 aa  191  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 227 aa  191  8e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 231 aa  191  9e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  45.26 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.03 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>