More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5217 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  100 
 
 
316 aa  634    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  93.35 
 
 
316 aa  597  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0222  response regulator receiver domain-containing protein  80.06 
 
 
310 aa  474  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.641426  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  77.45 
 
 
276 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  77.29 
 
 
276 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  77.09 
 
 
276 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  77.66 
 
 
276 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  70.78 
 
 
309 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1175  transcriptional regulator  64.78 
 
 
324 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  68.85 
 
 
324 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4342  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  66.43 
 
 
276 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.38 
 
 
391 aa  293  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  52 
 
 
367 aa  280  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.75 
 
 
376 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.99 
 
 
366 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  54.34 
 
 
361 aa  279  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  53.11 
 
 
352 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  50 
 
 
376 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  52.45 
 
 
376 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  53.96 
 
 
361 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.58 
 
 
373 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  46.98 
 
 
381 aa  275  7e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  52.08 
 
 
367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.79 
 
 
375 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.79 
 
 
375 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.38 
 
 
367 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.23 
 
 
375 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.5 
 
 
367 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.9 
 
 
366 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  47.88 
 
 
368 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  50.91 
 
 
368 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.21 
 
 
376 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.46 
 
 
389 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.94 
 
 
367 aa  266  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.15 
 
 
372 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.76 
 
 
375 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  52.53 
 
 
343 aa  259  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.15 
 
 
377 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45 
 
 
373 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.79 
 
 
386 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.47 
 
 
451 aa  215  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.16 
 
 
455 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.22 
 
 
481 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.481364  normal  0.940549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.44 
 
 
441 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.37 
 
 
459 aa  211  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.91 
 
 
456 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  39.79 
 
 
453 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  43.37 
 
 
459 aa  210  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.12 
 
 
445 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.78 
 
 
459 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.78 
 
 
459 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.95 
 
 
512 aa  209  6e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4456  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
457 aa  209  7e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4088  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.78 
 
 
457 aa  209  7e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.0065577  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  44.96 
 
 
445 aa  208  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  42.42 
 
 
457 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0197  two component Fis family transcriptional regulator  46.96 
 
 
449 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.32 
 
 
455 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.71 
 
 
433 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.78 
 
 
459 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.44 
 
 
486 aa  206  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.68 
 
 
480 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.38 
 
 
454 aa  206  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
453 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.18 
 
 
459 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.83 
 
 
461 aa  206  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6061  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
461 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  42.21 
 
 
608 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0247  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.43 
 
 
493 aa  204  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.1 
 
 
342 aa  203  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  44.1 
 
 
342 aa  203  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.6 
 
 
496 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
470 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  43.03 
 
 
606 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.32 
 
 
484 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  44.44 
 
 
470 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.75 
 
 
473 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.19 
 
 
483 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.19 
 
 
483 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45 
 
 
478 aa  203  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.05 
 
 
483 aa  203  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.54 
 
 
453 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.76 
 
 
441 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.09 
 
 
472 aa  202  5e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.9 
 
 
442 aa  202  5e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.86 
 
 
453 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.5 
 
 
462 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.8 
 
 
608 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.8 
 
 
608 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4130  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.86 
 
 
446 aa  202  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1997  sigma-54 specific Fis family two component transcriptional regulator  40.08 
 
 
452 aa  201  9e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.53 
 
 
457 aa  201  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.76 
 
 
1139 aa  201  9e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.34 
 
 
441 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.34 
 
 
441 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.28 
 
 
458 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.16 
 
 
444 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.26 
 
 
594 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  44.44 
 
 
473 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.5 
 
 
457 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>