49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1234 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1234  alginate biosynthesis protein AlgJ  100 
 
 		 391 aa  796    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.736293  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1054  alginate biosynthesis protein AlgJ  94.88 
 
 		 391 aa  763    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.690325  normal  0.470926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0951  alginate biosynthesis protein AlgJ  69.9 
 
 		 390 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0552965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1279  alginate O-acetylation protein AlgJ  67.71 
 
 		 388 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4446  hypothetical protein  67.71 
 
 		 385 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0632572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4570  alginate O-acetylation protein AlgJ precursor  68.16 
 
 		 385 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871863 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0880  alginate O-acetylation protein AlgJ precursor  67.71 
 
 		 385 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.860776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10880  Alginate biosynthesis protein AlgV  58.31 
 
 		 388 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1596  alginate o-acetyltransferase AlgJ  56.92 
 
 		 391 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1022  hypothetical protein  53.3 
 
 		 377 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.843839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18430  alginate o-acetyltransferase AlgJ  56.4 
 
 		 391 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.327755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1671  hypothetical protein  33.43 
 
 		 368 aa  186  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0836481  normal  0.410877 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1903  putative alginate biosynthesis protein algJ  31.72 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827588  hitchhiker  0.000024622 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1034  cell morphology protein  30.2 
 
 		 383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1025  hypothetical protein  32.1 
 
 		 476 aa  107  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0883  alginate biosynthesis protein AlgX  33.87 
 
 		 479 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126273  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1282  alginate biosynthesis protein AlgX  33.47 
 
 		 479 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4443  alginate biosynthesis protein AlgX  33.06 
 
 		 479 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0249363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18480  alginate biosynthesis protein AlgX  27.6 
 
 		 474 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1237  alginate biosynthesis protein AlgX  27.96 
 
 		 479 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.607162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1057  alginate biosynthesis protein AlgX  28.72 
 
 		 479 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0893074  normal  0.4674 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1599  alginate biosynthesis protein AlgX  27.24 
 
 		 474 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0954  alginate biosynthesis protein AlgX  30.65 
 
 		 483 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.216542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4567  alginate biosynthesis protein AlgX  30.74 
 
 		 479 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10910  alginate biosynthesis protein AlgX  28.4 
 
 		 483 aa  88.2  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1750  cell morphology protein  28.13 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1669  hypothetical protein  30 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0652134  normal  0.59786 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1749  hypothetical protein  31.5 
 
 		 334 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0887417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5462  hypothetical protein  24.87 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.674322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2941  hypothetical protein  27.68 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.182463  normal  0.403245 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2154  hypothetical protein  26.89 
 
 		 517 aa  61.6  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2128  hypothetical protein  25.73 
 
 		 517 aa  59.7  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0310  alginate O-acetyltransferase AlgJ  28.74 
 
 		 374 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2847  alginate O-acetyltransferase AlgJ  23.77 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1904  hypothetical protein  25.9 
 
 		 436 aa  54.7  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000430551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2940  cell morphology protein  29.24 
 
 		 377 aa  53.1  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.659123 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0052  hypothetical protein  27.21 
 
 		 428 aa  53.5  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1130  alginate O-acetyltransferase AlgJ  24.67 
 
 		 361 aa  53.1  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0465  alginate o-acetyltransferase AlgJ  23.08 
 
 		 392 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0314343  normal  0.328045 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1494  hypothetical protein  19.14 
 
 		 366 aa  51.6  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154309  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1765  hypothetical protein  20.22 
 
 		 366 aa  49.7  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000385845  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2137  hypothetical protein  24.43 
 
 		 316 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.29245  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0266  hypothetical protein  23.12 
 
 		 388 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.101624  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4640  hypothetical protein  23.51 
 
 		 375 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.191606  normal  0.155775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5619  hypothetical protein  29.71 
 
 		 319 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.399047  normal  0.171173 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00760  hypothetical protein  28.46 
 
 		 429 aa  46.6  0.0009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.843515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4603  hypothetical protein  26.76 
 
 		 307 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.920673  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0156  hypothetical protein  31.18 
 
 		 308 aa  44.3  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1108  hypothetical protein  27.08 
 
 		 316 aa  43.9  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.286106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>