More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3312 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3312  response regulator receiver protein  100 
 
 		 120 aa  243  4.9999999999999997e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0106199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0719  response regulator receiver protein  70 
 
 		 120 aa  173  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 743 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  35.9 
 
 		 812 aa  67.8  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0143  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.363881  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 762 aa  65.5  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  36.44 
 
 		 529 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 815 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 548 aa  61.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  34.45 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  30 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  32.2 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0093  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 143 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 		 789 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  33.64 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  32.79 
 
 		 949 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 782 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 949 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 781 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  35.24 
 
 		 544 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 655 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 943 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4683  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.409248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  39.51 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  39.51 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  33.05 
 
 		 573 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 736 aa  57  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  33.64 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3745  response regulator receiver domain-containing protein  26.27 
 
 		 133 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.368149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.57 
 
 		 683 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 660 aa  55.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4072  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 456 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4137 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  31.36 
 
 		 539 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2289  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 		 789 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 		 789 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 		 807 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 962 aa  53.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 611 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 611 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 		 673 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 618 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  35.14 
 
 		 909 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 727 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 727 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.48 
 
 		 702 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 611 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  32.11 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 611 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 611 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  28.95 
 
 		 681 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2234  response regulator receiver domain-containing protein  30.09 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 682 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  33.33 
 
 		 559 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 		 681 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 807 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  36.52 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  28.7 
 
 		 533 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 		 742 aa  52  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 611 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 922 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2320  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.632565 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  31.58 
 
 		 541 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 1631 aa  52  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  32.2 
 
 		 695 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 1180 aa  51.6  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 		 681 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 522 aa  51.2  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  31.36 
 
 		 507 aa  51.2  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 444 aa  51.6  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.415197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  30.77 
 
 		 534 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 999 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3757  response regulator receiver protein  35.37 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2592  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.94 
 
 		 455 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0156101 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 589 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2006  response regulator receiver protein  35.37 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_004310  BR1115  nitrogen regulation protein NtrX  32.43 
 
 		 453 aa  50.8  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_138  response regulator  31.4 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  29.17 
 
 		 280 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1073  nitrogen regulation protein NtrX  32.43 
 
 		 453 aa  50.8  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  30 
 
 		 726 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.21 
 
 		 814 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2210  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 453 aa  50.4  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 1651 aa  50.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  30.09 
 
 		 1005 aa  50.4  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  28.45 
 
 		 128 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 589 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1727  response regulator receiver  25.42 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0248964  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>