More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3652 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  591  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  82.09 
 
 		 297 aa  487  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  78.72 
 
 		 300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.6 
 
 		 302 aa  255  6e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 297 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 320 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 310 aa  235  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 304 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 317 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 317 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 317 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 324 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.13 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  43.25 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 310 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 311 aa  181  9.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 315 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  34.25 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 316 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  32.77 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  33.08 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.7 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 313 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  32.13 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.2 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  34.1 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.04 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  33.04 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>