More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4343 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  431  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  65.7 
 
 		 246 aa  255  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  59.81 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 234 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  36.98 
 
 		 221 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  39.09 
 
 		 219 aa  114  8.999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  39.8 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 223 aa  104  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  37.85 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 230 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1708  transcriptional regulator, GntR family  39.22 
 
 		 212 aa  102  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.243048 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 214 aa  101  7e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  101  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  35.86 
 
 		 261 aa  101  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 227 aa  101  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1449  transcriptional regulator, GntR family  37.24 
 
 		 220 aa  101  9e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 230 aa  101  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  36.63 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.76 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 222 aa  99.4  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 235 aa  99.8  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 233 aa  99.4  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  99  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 234 aa  99  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 219 aa  99  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 247 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 240 aa  98.6  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.47 
 
 		 239 aa  98.6  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 231 aa  98.6  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  98.2  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 229 aa  98.2  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 229 aa  98.2  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 223 aa  96.7  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 209 aa  97.4  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 229 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 237 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 234 aa  96.3  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 241 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 233 aa  96.7  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 290 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 246 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 254 aa  95.5  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 223 aa  95.5  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 223 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 241 aa  95.1  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 231 aa  95.1  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 260 aa  95.1  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  94.7  9e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 231 aa  94.7  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 241 aa  94.7  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 235 aa  94.4  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  34.92 
 
 		 222 aa  94  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  39.52 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 232 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  39.73 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  93.2  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 240 aa  92.4  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 267 aa  92.8  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  39.9 
 
 		 216 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 223 aa  92  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 238 aa  92.4  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 224 aa  92  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 251 aa  92  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 227 aa  92  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 218 aa  92  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>