More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3844 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
271 aa  539  9.999999999999999e-153  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10780  short chain dehydrogenase  53.2 
 
 
275 aa  253  3e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4964  short chain dehydrogenase  51.33 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.337953 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4581  short chain dehydrogenase  50.95 
 
 
281 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4669  short chain dehydrogenase  50.95 
 
 
281 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5160  short chain dehydrogenase  50.95 
 
 
274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.694924 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1597  short chain dehydrogenase  50.38 
 
 
274 aa  239  4e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6486  hypothetical protein  52.61 
 
 
278 aa  235  7e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  32.22 
 
 
1270 aa  112  6e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
267 aa  109  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 
242 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
259 aa  105  7e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.77 
 
 
248 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.47 
 
 
238 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
255 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2308  putative 3-oxoacyl-ACP reductase  37.63 
 
 
252 aa  102  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.21 
 
 
249 aa  102  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
272 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.53 
 
 
251 aa  102  7e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.64 
 
 
242 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
249 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
254 aa  101  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
225 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.31851  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
253 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470918  normal  0.546691 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
254 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
264 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  28.63 
 
 
243 aa  100  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.87 
 
 
243 aa  100  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
267 aa  99.8  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
243 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
225 aa  99.8  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 
243 aa  99.4  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
272 aa  99  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
232 aa  98.6  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0295505  normal  0.114297 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
258 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  31.43 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
254 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.570082  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3704  ribitol 2-dehydrogenase  29.79 
 
 
242 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0194179  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
251 aa  97.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
242 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432228  normal  0.172145 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
233 aa  96.7  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
258 aa  96.3  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
241 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
289 aa  95.9  6e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.7 
 
 
260 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
269 aa  95.9  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.14599 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
254 aa  95.5  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.3 
 
 
260 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2468  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  34.04 
 
 
256 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000411328  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
238 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.024265  decreased coverage  0.0061856 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  36.22 
 
 
301 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  33.48 
 
 
247 aa  95.1  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
264 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.538223  normal  0.0864217 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5938  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.12 
 
 
234 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.355908  decreased coverage  0.00196456 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25000  short-chain alcohol dehydrogenase  38.8 
 
 
241 aa  94.7  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
253 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
252 aa  94.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
242 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.94 
 
 
242 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.88898  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
293 aa  94  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
253 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
250 aa  94  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11580  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.71 
 
 
248 aa  93.6  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0243  ribitol dehydrogenase  28.09 
 
 
242 aa  93.2  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.83 
 
 
244 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 
258 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0872  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.61 
 
 
247 aa  92.8  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.87 
 
 
253 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13500  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.62 
 
 
237 aa  92.4  6e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 
255 aa  92.4  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
260 aa  92  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0884  ribitol 2-dehydrogenase (RDH)  29.41 
 
 
242 aa  92.4  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.332992  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
256 aa  92  9e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
257 aa  92  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 
258 aa  92  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0268  ribitol dehydrogenase  28.09 
 
 
242 aa  91.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.245269  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0416  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.08 
 
 
245 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
260 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
249 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0428484  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15900  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.04 
 
 
241 aa  92  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.166031  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.65 
 
 
249 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  29.03 
 
 
1367 aa  90.5  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.94 
 
 
242 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
253 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3818  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.33 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0470155 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>