More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1236 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  100 
 
 
155 aa  316  6e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.14 
 
 
147 aa  223  7e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.94 
 
 
136 aa  219  9e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.94 
 
 
136 aa  219  9e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 
136 aa  218  3e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 
136 aa  215  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  73.53 
 
 
138 aa  206  1e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  68.84 
 
 
139 aa  194  5.000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  63.24 
 
 
128 aa  174  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  61.31 
 
 
131 aa  174  5e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  60.58 
 
 
129 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 
131 aa  160  9e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.39 
 
 
132 aa  159  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.41 
 
 
128 aa  150  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  53.68 
 
 
128 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  56.2 
 
 
131 aa  147  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.15 
 
 
129 aa  145  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.93 
 
 
131 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.35 
 
 
144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  52.94 
 
 
127 aa  143  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 
132 aa  140  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  54.89 
 
 
128 aa  140  9e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  53.28 
 
 
135 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
127 aa  135  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  52.21 
 
 
127 aa  134  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.15 
 
 
131 aa  133  7.000000000000001e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.31 
 
 
152 aa  133  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.26 
 
 
127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  49.26 
 
 
131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.74 
 
 
127 aa  127  6e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  49.26 
 
 
127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  47.79 
 
 
127 aa  125  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  47.79 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  48.53 
 
 
127 aa  122  2e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  45.59 
 
 
133 aa  119  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  39.71 
 
 
129 aa  110  7.000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  38.97 
 
 
129 aa  105  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  55.56 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  55.56 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
65 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
65 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  55.56 
 
 
65 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
65 aa  72  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
69 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  51.56 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.72 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  47.83 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.38 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  50 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
68 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  45.31 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.28 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  46.38 
 
 
69 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  53.12 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.83 
 
 
69 aa  68.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
69 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>