More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0859 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
342 aa  710    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.83 
 
 
345 aa  535  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  68.05 
 
 
338 aa  474  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  68.44 
 
 
338 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.42 
 
 
339 aa  449  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.36 
 
 
339 aa  441  1e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.73 
 
 
341 aa  423  1e-117  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
355 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.04 
 
 
339 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.84 
 
 
352 aa  258  7e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.18 
 
 
680 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.35 
 
 
354 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.25 
 
 
352 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
352 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.48 
 
 
373 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
369 aa  255  7e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.63 
 
 
368 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.92 
 
 
367 aa  248  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.64 
 
 
354 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
685 aa  246  4e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.71 
 
 
367 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.94 
 
 
672 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.64 
 
 
672 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.76 
 
 
669 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.41 
 
 
363 aa  239  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 
684 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.18 
 
 
363 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.55 
 
 
364 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.26 
 
 
363 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
351 aa  192  8e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
355 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
302 aa  157  3e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
353 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
353 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
358 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.61 
 
 
313 aa  152  8e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.71 
 
 
342 aa  152  8e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
306 aa  151  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
309 aa  149  5e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.37 
 
 
355 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
306 aa  149  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30 
 
 
361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  30.34 
 
 
363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
296 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  30.34 
 
 
363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
352 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.42 
 
 
345 aa  146  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.04 
 
 
336 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
333 aa  145  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
353 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.71 
 
 
361 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  31.64 
 
 
326 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.75 
 
 
341 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
369 aa  144  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
292 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.94 
 
 
346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.49 
 
 
363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  31.18 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
310 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.43 
 
 
359 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.29 
 
 
359 aa  140  3e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.66 
 
 
358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.98 
 
 
357 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.85 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.83 
 
 
358 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.14 
 
 
362 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.78 
 
 
360 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.52 
 
 
355 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.45 
 
 
322 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.74 
 
 
322 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.51 
 
 
358 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
309 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.14 
 
 
359 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.66 
 
 
336 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
292 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.98 
 
 
359 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.95 
 
 
337 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.45 
 
 
322 aa  138  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.84 
 
 
355 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
292 aa  137  2e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.45 
 
 
322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.94 
 
 
350 aa  137  4e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
355 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
355 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2097  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.46 
 
 
347 aa  136  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.86 
 
 
359 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
330 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.15 
 
 
322 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.15 
 
 
322 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.61 
 
 
354 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.35 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>