36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2347 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  100 
 
 		 250 aa  518  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  29.58 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  28.02 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1839  conjugal transfer protein TrbJ  30.9 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.835985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  28.02 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  30.67 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  29.18 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35680  conjugal transfer protein TrbJ  30.81 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  28.83 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  28.64 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4199  conjugal transfer protein TrbJ  29.73 
 
 		 242 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.481376  normal  0.72742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  27.31 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  26.54 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  28.88 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1554  conjugal transfer protein TrbJ  26.09 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  26.75 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  26.8 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  26.8 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1144  conjugal transfer protein TrbJ  25.33 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3572  conjugal transfer TrbJ signal peptide protein  28.24 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000309326  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2008  conjugal transfer protein TrbJ  29.73 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589557  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2354  conjugal transfer protein TrbJ  29.5 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00542986  normal  0.35114 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  27.11 
 
 		 248 aa  53.1  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3198  conjugal transfer protein TrbJ  26.79 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1480  conjugal transfer protein TrbJ  26.79 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.10056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3545  conjugal transfer protein TrbJ  27.31 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1190  conjugal transfer protein TrbJ  27.31 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2096  conjugal transfer protein TrbJ  25.76 
 
 		 249 aa  47  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.96 
 
 		 251 aa  45.8  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  23.29 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0314  conjugal transfer protein TrbJ  24.58 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2320  conjugal transfer protein TrbJ  25.22 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570839  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0695  conjugal transfer protein TrbJ  27.05 
 
 		 254 aa  43.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  23.93 
 
 		 263 aa  42.4  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  22.89 
 
 		 258 aa  42  0.009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>