118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2606 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1803  radical SAM family protein  84.41 
 
 		 714 aa  1187    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2606  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 711 aa  1409    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3655  Radical SAM domain protein  51.63 
 
 		 711 aa  630  1e-179  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0270  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 929 aa  81.6  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.669686  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.73 
 
 		 459 aa  79.3  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  29.59 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  25.38 
 
 		 553 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 473 aa  72.8  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 		 458 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 		 470 aa  67.8  0.0000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  27.86 
 
 		 437 aa  64.7  0.000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.12 
 
 		 612 aa  62  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.72 
 
 		 485 aa  62.4  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  25 
 
 		 484 aa  62  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 452 aa  60.8  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  22.76 
 
 		 545 aa  60.8  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.29 
 
 		 647 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.85 
 
 		 533 aa  60.5  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  27.2 
 
 		 577 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  25.85 
 
 		 647 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.18 
 
 		 563 aa  58.5  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.18 
 
 		 529 aa  58.9  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.57 
 
 		 651 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.85 
 
 		 651 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.85 
 
 		 651 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  24.69 
 
 		 471 aa  58.2  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.85 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.85 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 475 aa  57.4  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  25.85 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 		 497 aa  57.4  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.26 
 
 		 864 aa  56.2  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 572 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23 
 
 		 681 aa  55.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 590 aa  55.8  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  21.46 
 
 		 552 aa  54.7  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  21.88 
 
 		 723 aa  54.7  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  22.61 
 
 		 461 aa  54.7  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 472 aa  54.3  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  23.12 
 
 		 506 aa  53.9  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 		 488 aa  53.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 		 474 aa  52.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  22.55 
 
 		 506 aa  53.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 		 573 aa  53.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 		 451 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0179  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 		 591 aa  52  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.11642  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 		 620 aa  52  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  22.48 
 
 		 501 aa  52  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  23.26 
 
 		 456 aa  52  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  24.3 
 
 		 501 aa  51.6  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.77 
 
 		 473 aa  51.6  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.84 
 
 		 521 aa  51.2  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  24.08 
 
 		 444 aa  51.2  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  24.92 
 
 		 472 aa  50.8  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  22.82 
 
 		 506 aa  50.8  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.54 
 
 		 554 aa  50.8  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.3 
 
 		 564 aa  50.8  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.46 
 
 		 567 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  25.78 
 
 		 528 aa  50.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 487 aa  50.4  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  24.56 
 
 		 590 aa  50.8  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  24.84 
 
 		 590 aa  49.3  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.03 
 
 		 608 aa  49.7  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  22.26 
 
 		 441 aa  49.3  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 		 524 aa  49.7  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  25.87 
 
 		 475 aa  49.3  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.37 
 
 		 475 aa  48.9  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 		 507 aa  49.3  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  24.25 
 
 		 470 aa  48.9  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2227  Radical SAM domain protein  24.41 
 
 		 652 aa  49.3  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  21.21 
 
 		 559 aa  48.1  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  27.31 
 
 		 525 aa  48.1  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 		 502 aa  48.1  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.53 
 
 		 609 aa  48.1  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  25.42 
 
 		 715 aa  48.1  0.0006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  22.73 
 
 		 503 aa  47.8  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 		 556 aa  47.8  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  23.36 
 
 		 555 aa  47.4  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.4 
 
 		 476 aa  47.4  0.0009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.4 
 
 		 580 aa  47  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2083  radical SAM family protein  24.87 
 
 		 655 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.986681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  23.78 
 
 		 488 aa  47  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2787  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 543 aa  46.6  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 520 aa  47.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  29.61 
 
 		 429 aa  46.6  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  23.08 
 
 		 501 aa  46.2  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  28.49 
 
 		 613 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 		 631 aa  46.6  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 		 476 aa  46.6  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.79 
 
 		 508 aa  46.6  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  20.91 
 
 		 562 aa  46.2  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  27.33 
 
 		 471 aa  45.8  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.63 
 
 		 515 aa  45.8  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.14 
 
 		 609 aa  45.8  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 		 476 aa  45.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  22.97 
 
 		 426 aa  45.8  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 527 aa  45.8  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 513 aa  45.4  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.79 
 
 		 473 aa  45.8  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  20.61 
 
 		 559 aa  45.4  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>