111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1803 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1803  radical SAM family protein  100 
 
 		 714 aa  1411    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2606  radical SAM domain-containing protein  84.41 
 
 		 711 aa  1187    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3655  Radical SAM domain protein  52.41 
 
 		 711 aa  622  1e-177  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 		 459 aa  86.3  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0270  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 		 929 aa  80.5  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.669686  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  28.66 
 
 		 598 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 473 aa  75.1  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 		 458 aa  71.6  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  26.73 
 
 		 553 aa  69.7  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  26.12 
 
 		 437 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 		 497 aa  60.8  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  25 
 
 		 864 aa  60.5  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.65 
 
 		 484 aa  60.1  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 		 470 aa  60.5  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  26.12 
 
 		 590 aa  59.7  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 		 475 aa  58.5  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 		 488 aa  57.8  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.6 
 
 		 533 aa  57.8  0.0000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  25.76 
 
 		 452 aa  57  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  26.27 
 
 		 577 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 471 aa  56.6  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 487 aa  56.2  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  23.14 
 
 		 456 aa  55.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.36 
 
 		 647 aa  55.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.72 
 
 		 485 aa  55.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 		 451 aa  55.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 		 474 aa  55.5  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  25.07 
 
 		 647 aa  53.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  20.34 
 
 		 552 aa  53.5  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.79 
 
 		 651 aa  53.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.38 
 
 		 681 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.07 
 
 		 647 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.07 
 
 		 647 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.37 
 
 		 521 aa  53.1  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  23.88 
 
 		 426 aa  53.1  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  23.35 
 
 		 545 aa  53.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.07 
 
 		 651 aa  52.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  24.71 
 
 		 501 aa  52.4  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.07 
 
 		 651 aa  52.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 647 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 		 473 aa  52.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.41 
 
 		 554 aa  52  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.58 
 
 		 472 aa  52  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.75 
 
 		 529 aa  51.6  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  26.82 
 
 		 572 aa  52  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.36 
 
 		 612 aa  51.6  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24.23 
 
 		 476 aa  51.2  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 527 aa  50.8  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.57 
 
 		 474 aa  50.8  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.57 
 
 		 474 aa  50.8  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  26.75 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.37 
 
 		 580 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.46 
 
 		 567 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.93 
 
 		 564 aa  50.4  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 573 aa  50.4  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  25.13 
 
 		 475 aa  49.7  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.67 
 
 		 512 aa  49.3  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 		 502 aa  49.3  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  22.73 
 
 		 461 aa  49.7  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.11 
 
 		 474 aa  50.1  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.88 
 
 		 564 aa  49.3  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  27.78 
 
 		 529 aa  49.3  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  24.62 
 
 		 475 aa  48.9  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 		 620 aa  48.9  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.98 
 
 		 565 aa  49.3  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  22.62 
 
 		 501 aa  48.5  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.58 
 
 		 520 aa  48.5  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 		 520 aa  48.5  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.17 
 
 		 524 aa  48.5  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.51 
 
 		 477 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.59 
 
 		 476 aa  48.5  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0179  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 		 591 aa  48.1  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.11642  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  26.7 
 
 		 470 aa  48.1  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  28.49 
 
 		 613 aa  47.8  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  21.99 
 
 		 723 aa  47.8  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  21.23 
 
 		 468 aa  47.8  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  25.65 
 
 		 715 aa  47.8  0.0008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  22.59 
 
 		 488 aa  47  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 		 521 aa  47.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.63 
 
 		 484 aa  45.8  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.65 
 
 		 472 aa  46.2  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 		 529 aa  46.6  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  21.87 
 
 		 539 aa  46.2  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 1288 aa  46.6  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 		 557 aa  46.2  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 390 aa  46.6  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  25.2 
 
 		 444 aa  46.6  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.28 
 
 		 515 aa  45.8  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2787  radical SAM domain-containing protein  27.37 
 
 		 543 aa  45.8  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  23.2 
 
 		 476 aa  45.8  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 528 aa  45.4  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 		 520 aa  45.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  21.81 
 
 		 476 aa  45.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  21.81 
 
 		 476 aa  45.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  21.49 
 
 		 462 aa  44.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.59 
 
 		 473 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 		 500 aa  45.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  24.83 
 
 		 590 aa  45.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  24.54 
 
 		 557 aa  45.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 		 631 aa  44.7  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0826343 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>