277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0116 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0116  site-specific recombinase XerD-like  100 
 
 		 127 aa  263  8e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.5944 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0214  site-specific recombinase XerD  58.1 
 
 		 277 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  46.83 
 
 		 309 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1095  phage integrase  45.67 
 
 		 242 aa  113  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  42.97 
 
 		 308 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3692  integrase family protein  45.67 
 
 		 296 aa  104  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.859862 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  40.77 
 
 		 325 aa  96.7  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  40.62 
 
 		 347 aa  75.5  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6221  site-specific recombinase XerD-like protein  41.1 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  36.28 
 
 		 300 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0056  phage integrase family protein  32.5 
 
 		 332 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  31.62 
 
 		 319 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 319 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 319 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 319 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  33.61 
 
 		 332 aa  55.5  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  35.78 
 
 		 301 aa  54.7  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  29.27 
 
 		 279 aa  54.7  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.77 
 
 		 295 aa  53.1  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  30.56 
 
 		 320 aa  52.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  33.94 
 
 		 313 aa  52.4  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  34.95 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  31.25 
 
 		 283 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  30.43 
 
 		 308 aa  52  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  38.38 
 
 		 302 aa  51.2  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  38.38 
 
 		 302 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  37.37 
 
 		 302 aa  51.2  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  30.4 
 
 		 307 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  29.46 
 
 		 311 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  30.4 
 
 		 307 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  35.58 
 
 		 395 aa  50.8  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  28.57 
 
 		 308 aa  50.4  0.000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.09 
 
 		 318 aa  50.4  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  34.91 
 
 		 324 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3243  tyrosine recombinase XerC subunit  31.31 
 
 		 335 aa  49.7  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  36.19 
 
 		 317 aa  49.7  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  30 
 
 		 307 aa  48.9  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  30.97 
 
 		 346 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 311 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.09 
 
 		 317 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  33.62 
 
 		 301 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  32.61 
 
 		 299 aa  48.9  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  31.58 
 
 		 317 aa  48.5  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 318 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 318 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  32.11 
 
 		 301 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  30.56 
 
 		 311 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  29.6 
 
 		 307 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 324 aa  47.4  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  32 
 
 		 301 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  27.78 
 
 		 316 aa  47.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  31.45 
 
 		 296 aa  47.4  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  31.78 
 
 		 306 aa  47.4  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.91 
 
 		 306 aa  47.4  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0971  integrase family protein  33.64 
 
 		 328 aa  47  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 		 298 aa  46.6  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  30.28 
 
 		 304 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0967  phage integrase family protein  29.46 
 
 		 324 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 306 aa  46.6  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 306 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  27.78 
 
 		 313 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 298 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  33.33 
 
 		 308 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  28.45 
 
 		 299 aa  46.6  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 318 aa  46.2  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  28.28 
 
 		 295 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.09 
 
 		 314 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  34.04 
 
 		 292 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.56 
 
 		 306 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  31.58 
 
 		 295 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.56 
 
 		 306 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  30.89 
 
 		 297 aa  45.4  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2540  integrase family protein  29.31 
 
 		 350 aa  46.2  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  28.83 
 
 		 309 aa  46.2  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 336 aa  45.8  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 304 aa  46.2  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 362 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 331 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  29.41 
 
 		 306 aa  45.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1743  Phage integrase  25.86 
 
 		 270 aa  45.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  29.17 
 
 		 337 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  28.57 
 
 		 300 aa  45.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  29.29 
 
 		 364 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  31.96 
 
 		 296 aa  45.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 300 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 300 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 300 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 300 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  30.09 
 
 		 312 aa  44.7  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  28.23 
 
 		 298 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 300 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.7 
 
 		 300 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>