More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1384 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  53.22 
 
 		 387 aa  261  1e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  48.5 
 
 		 562 aa  240  2e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  45.56 
 
 		 555 aa  232  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.72 
 
 		 259 aa  232  5e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  45.88 
 
 		 472 aa  226  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  44.36 
 
 		 638 aa  220  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  45.19 
 
 		 252 aa  215  7e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 516 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  36.29 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.05 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.62 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.62 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 238 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 241 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 254 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.91 
 
 		 239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.03 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  32.75 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.71 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  34.16 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  35.93 
 
 		 384 aa  125  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  35.15 
 
 		 251 aa  125  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 567 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  34.76 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  34.78 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  34.32 
 
 		 236 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.91 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 271 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.33 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 252 aa  123  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.33 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.33 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  33.91 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.33 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.07 
 
 		 258 aa  123  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.33 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.91 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.5 
 
 		 385 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  30.74 
 
 		 239 aa  122  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 247 aa  122  8e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.91 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.49 
 
 		 249 aa  122  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.19 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 553 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  30.77 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.91 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.19 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 268 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  31 
 
 		 235 aa  119  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.31 
 
 		 328 aa  119  7e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 348 aa  119  7e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  31.43 
 
 		 250 aa  119  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  33.62 
 
 		 245 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  30.9 
 
 		 355 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  29.08 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.48 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  29.11 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.06 
 
 		 245 aa  117  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  33.05 
 
 		 228 aa  117  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 238 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.06 
 
 		 245 aa  117  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  33.91 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.77 
 
 		 237 aa  116  5e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.19 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 624 aa  116  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.19 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  30.08 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.19 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.34 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 389 aa  115  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.76 
 
 		 289 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  32.19 
 
 		 556 aa  115  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  31.69 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  29.34 
 
 		 528 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.9 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  32.33 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 242 aa  113  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  32.33 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  31.67 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 		 236 aa  112  9e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 		 236 aa  112  9e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  31.89 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  31.89 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.93 
 
 		 243 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  31.33 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  32.77 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  31.03 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  31.47 
 
 		 228 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 249 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  27.63 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>