More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2702 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  100 
 
 
330 aa  644    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  68.04 
 
 
325 aa  398  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  72.09 
 
 
325 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  72.09 
 
 
325 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  71.05 
 
 
325 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.65 
 
 
319 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.41 
 
 
324 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  62.89 
 
 
324 aa  362  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  61.71 
 
 
324 aa  343  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  56.96 
 
 
322 aa  339  5e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.79 
 
 
333 aa  272  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.21 
 
 
330 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  47.68 
 
 
329 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.71 
 
 
325 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.99 
 
 
328 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.27 
 
 
340 aa  255  6e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  47.5 
 
 
329 aa  255  8e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.66 
 
 
331 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.33 
 
 
328 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.65 
 
 
327 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.08 
 
 
327 aa  241  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  50.81 
 
 
330 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.37 
 
 
320 aa  224  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.06 
 
 
338 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  37.66 
 
 
329 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  40.68 
 
 
324 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  40.68 
 
 
324 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  40.68 
 
 
324 aa  202  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.62 
 
 
321 aa  199  7.999999999999999e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.01 
 
 
339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  40 
 
 
324 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  40 
 
 
324 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.45 
 
 
317 aa  196  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.9 
 
 
324 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.63 
 
 
321 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.28 
 
 
332 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  40.56 
 
 
320 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.92 
 
 
333 aa  192  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40 
 
 
318 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  39.75 
 
 
324 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.3 
 
 
304 aa  190  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.19 
 
 
324 aa  190  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  37.5 
 
 
322 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  41.18 
 
 
326 aa  189  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.82 
 
 
318 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.71 
 
 
332 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.48 
 
 
304 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40 
 
 
328 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.56 
 
 
327 aa  186  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  40.75 
 
 
320 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  33.96 
 
 
403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  39.05 
 
 
323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.81 
 
 
319 aa  182  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  37.19 
 
 
324 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  37.38 
 
 
325 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  37.38 
 
 
325 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.12 
 
 
323 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.48 
 
 
315 aa  179  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.52 
 
 
324 aa  178  9e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.16 
 
 
315 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.73 
 
 
322 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  39.23 
 
 
327 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  39.23 
 
 
327 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  39.23 
 
 
327 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  39.23 
 
 
327 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  39.23 
 
 
327 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  39.23 
 
 
327 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  39.74 
 
 
514 aa  177  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  36.19 
 
 
408 aa  177  3e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.45 
 
 
343 aa  176  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  41.22 
 
 
506 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  36.25 
 
 
324 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.14 
 
 
321 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  41.22 
 
 
506 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  34.19 
 
 
326 aa  175  8e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  38.26 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.19 
 
 
326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  37.96 
 
 
320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  37.85 
 
 
402 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.42 
 
 
320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.1 
 
 
319 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  37.99 
 
 
322 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.06 
 
 
315 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.22 
 
 
323 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  39.86 
 
 
321 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  36.45 
 
 
322 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  34.59 
 
 
408 aa  170  3e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.55 
 
 
338 aa  170  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.94 
 
 
405 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  30.6 
 
 
404 aa  169  8e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.69 
 
 
318 aa  169  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  32.04 
 
 
402 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  39.52 
 
 
321 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  37.5 
 
 
507 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.87 
 
 
320 aa  166  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  40.67 
 
 
330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  36.31 
 
 
400 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.19 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.19 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>