More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2462 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2462  hypothetical protein  100 
 
 		 595 aa  1200    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0369  Rhs element Vgr protein  45.23 
 
 		 596 aa  519  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0676  Rhs element Vgr protein  42.49 
 
 		 596 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3003  Rhs element Vgr protein  43.24 
 
 		 598 aa  477  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3927  Rhs element Vgr protein  40.68 
 
 		 604 aa  433  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00332693  hitchhiker  0.00450013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3155  Rhs element Vgr protein  38.84 
 
 		 581 aa  432  1e-120  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5250  Rhs element Vgr protein  38.5 
 
 		 596 aa  427  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2550  Rhs element Vgr protein  37.03 
 
 		 589 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1682  Rhs element Vgr protein  36.86 
 
 		 589 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0669  Rhs element Vgr protein  35.32 
 
 		 576 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1042  phosphoserine phosphatase SerB  37.04 
 
 		 565 aa  359  9e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3609  Rhs element Vgr protein  35.39 
 
 		 574 aa  335  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1080  hypothetical protein  33.11 
 
 		 599 aa  324  4e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.752206 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0896  Rhs element Vgr protein  26.74 
 
 		 545 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1040  Rhs element Vgr protein  26.74 
 
 		 545 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.605907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2817  Rhs element Vgr protein  26.18 
 
 		 593 aa  163  7e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1663  Rhs element Vgr protein  25.32 
 
 		 589 aa  157  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.485896  normal  0.191701 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1732  Rhs element Vgr protein  23.94 
 
 		 641 aa  150  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520263 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  25.99 
 
 		 610 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1626  Rhs element Vgr protein  22.7 
 
 		 592 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0131276 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5384  Rhs element Vgr protein  26.02 
 
 		 602 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1051  Rhs element Vgr protein  25.57 
 
 		 594 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0769  Rhs element Vgr protein  31.82 
 
 		 248 aa  116  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  25.5 
 
 		 578 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26590  hypothetical protein  27.01 
 
 		 599 aa  100  6e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0848935  normal  0.672502 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0983  hypothetical protein  29.73 
 
 		 218 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.208742  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0926  Rhs element Vgr protein  22.96 
 
 		 587 aa  93.2  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.91076  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2892  hypothetical protein  23.06 
 
 		 499 aa  92.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3043  Rhs element Vgr protein  32.39 
 
 		 229 aa  92.8  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160638 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2945  Rhs element Vgr protein  23.79 
 
 		 589 aa  89.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.703955  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1906  Rhs element Vgr protein  26.75 
 
 		 606 aa  86.3  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0194585  hitchhiker  0.0014616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3260  Rhs element Vgr protein  26.39 
 
 		 602 aa  86.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386521  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1509  Rhs element Vgr protein  27.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4109  Rhs element Vgr protein  24.91 
 
 		 576 aa  84.3  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0273732 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4390  Rhs element Vgr protein  22.8 
 
 		 652 aa  83.2  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.86257  normal  0.698434 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3684  Rhs element Vgr protein  27.72 
 
 		 247 aa  82.4  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  hitchhiker  0.000521794 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1953  Rhs element Vgr protein  30.04 
 
 		 275 aa  82.4  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5894  Rhs element Vgr protein  25.38 
 
 		 615 aa  76.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  26.73 
 
 		 697 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4864  Rhs element Vgr protein  27.27 
 
 		 599 aa  75.1  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0846936  normal  0.155196 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  26.75 
 
 		 655 aa  74.3  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3664  hypothetical protein  26.77 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000879822 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0982  hypothetical protein  25.93 
 
 		 362 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  24.1 
 
 		 694 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0660  hypothetical protein  28.49 
 
 		 605 aa  72.4  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.279373 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3666  Rhs element Vgr protein  25.95 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  decreased coverage  0.0000749166 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  26.19 
 
 		 609 aa  71.2  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  25.76 
 
 		 656 aa  69.7  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2094  Rhs element Vgr protein  26.69 
 
 		 646 aa  69.3  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.730907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  25.67 
 
 		 616 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  27.24 
 
 		 619 aa  68.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  24.42 
 
 		 617 aa  68.2  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1875  hypothetical protein  30.59 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.133633  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  27.87 
 
 		 611 aa  67.8  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  24.03 
 
 		 617 aa  67.8  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3020  Rhs element Vgr protein  22.33 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.988422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  25.76 
 
 		 615 aa  67.8  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  24.32 
 
 		 617 aa  67.8  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  24.32 
 
 		 706 aa  67.4  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3849  Rhs element Vgr protein  22.69 
 
 		 675 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  27.05 
 
 		 661 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  26.32 
 
 		 618 aa  66.2  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  25.68 
 
 		 680 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1796  Rhs element Vgr protein  21.68 
 
 		 619 aa  65.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  24.44 
 
 		 618 aa  65.1  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  23.48 
 
 		 1095 aa  65.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1542  hypothetical protein  28.42 
 
 		 235 aa  65.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.391091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  25 
 
 		 790 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  23.92 
 
 		 687 aa  64.7  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  23.92 
 
 		 687 aa  64.7  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  23.92 
 
 		 687 aa  64.7  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  25.91 
 
 		 794 aa  64.3  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  24.1 
 
 		 741 aa  64.3  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2555  hypothetical protein  26.76 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216389 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  24.1 
 
 		 741 aa  64.3  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3254  type VI secretion system Vgr family protein  27.99 
 
 		 787 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  26.57 
 
 		 661 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  35.43 
 
 		 678 aa  63.9  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  25.69 
 
 		 1017 aa  63.9  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0053  type VI secretion system Vgr family protein  27.14 
 
 		 617 aa  63.9  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  25.9 
 
 		 669 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  24.51 
 
 		 697 aa  63.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  22.78 
 
 		 725 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  23.66 
 
 		 699 aa  63.5  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0043  Rhs element Vgr protein  25.1 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  21.55 
 
 		 668 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  25.34 
 
 		 680 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  25 
 
 		 668 aa  62.4  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  26.16 
 
 		 740 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2825  type VI secretion system Vgr family protein  33.33 
 
 		 678 aa  62  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  27.47 
 
 		 851 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  21.21 
 
 		 709 aa  62  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  26.16 
 
 		 740 aa  62  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4257  type VI secretion system Vgr family protein  24.24 
 
 		 610 aa  61.6  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>