134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1087 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1087  TRAP transporter solute receptor  100 
 
 
319 aa  647    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.939177  normal  0.337295 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1880  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.46 
 
 
317 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.460702  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.9 
 
 
319 aa  96.7  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.8 
 
 
317 aa  94  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.24 
 
 
318 aa  92.8  8e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  30.09 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 
318 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  28.1 
 
 
336 aa  90.5  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.84 
 
 
312 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.18 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  28.1 
 
 
336 aa  89.7  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  27.18 
 
 
318 aa  89  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  28.17 
 
 
316 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.83 
 
 
318 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  26.83 
 
 
318 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.55 
 
 
317 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.19 
 
 
327 aa  86.3  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.52 
 
 
342 aa  85.9  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.69 
 
 
329 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.08 
 
 
318 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.85 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.31 
 
 
333 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.03 
 
 
332 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.83 
 
 
317 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.89 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.36 
 
 
346 aa  83.2  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  27.05 
 
 
351 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.99 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.21 
 
 
339 aa  82.4  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.44 
 
 
318 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  26.48 
 
 
317 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.05 
 
 
317 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  25.6 
 
 
324 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2288  putative TRAP transporter solute receptor  24.55 
 
 
330 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.932603  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.91 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.26 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  28.42 
 
 
316 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.27 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.33 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26 
 
 
317 aa  80.1  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  25.64 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.62 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.61 
 
 
651 aa  79.7  0.00000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.97 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  25.87 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.03 
 
 
315 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.61 
 
 
322 aa  79  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0874  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.71 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.16 
 
 
333 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  26.13 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.67 
 
 
337 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.32 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  24.73 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  23.86 
 
 
320 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.45 
 
 
325 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  27.34 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.03 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.98 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.54 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.23 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  25.15 
 
 
322 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.83 
 
 
446 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  24.92 
 
 
322 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.32 
 
 
316 aa  72  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  26.49 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  28.57 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.1 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.08 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.22 
 
 
319 aa  70.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  25 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.04 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.15 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.08 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  27.06 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  23.23 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.98 
 
 
356 aa  67.8  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  24.48 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.11 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0619  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.88 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.59 
 
 
349 aa  65.9  0.0000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1090  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0945459  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.14 
 
 
316 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.79 
 
 
350 aa  63.9  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.5 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.54 
 
 
328 aa  63.9  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.91 
 
 
322 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.62 
 
 
324 aa  63.5  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.45 
 
 
328 aa  63.2  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.4 
 
 
325 aa  62.8  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.23 
 
 
348 aa  62  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  24.91 
 
 
326 aa  61.6  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.72 
 
 
332 aa  61.6  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  26.36 
 
 
322 aa  61.2  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>