134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2288 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2288  putative TRAP transporter solute receptor  100 
 
 
330 aa  671    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.932603  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.73 
 
 
318 aa  95.9  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.16 
 
 
323 aa  87.8  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.99 
 
 
327 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.62 
 
 
327 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24 
 
 
315 aa  84  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  26.15 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.24 
 
 
325 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.07 
 
 
333 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  25 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1087  TRAP transporter solute receptor  23.81 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.939177  normal  0.337295 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  25.56 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.47 
 
 
322 aa  80.1  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.56 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.9 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.02 
 
 
317 aa  79.3  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.5 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.85 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.38 
 
 
323 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
356 aa  77.4  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0874  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.73 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  24.22 
 
 
322 aa  75.9  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.91 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  25.62 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.69 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0358  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0105489  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.34 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2408  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.75 
 
 
326 aa  73.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.68 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  23.78 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.53 
 
 
346 aa  73.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  24.21 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.25 
 
 
651 aa  72.4  0.000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 
337 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  25.19 
 
 
324 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.76 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.44 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.51 
 
 
315 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.47 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  28.09 
 
 
322 aa  70.1  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.04 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.04 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.04 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.04 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.62 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.55 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.5 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  23.92 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
326 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.16 
 
 
371 aa  68.9  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  24.74 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.13 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022197  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.72 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.74 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  25.62 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.74 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.53 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  26.95 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.39 
 
 
325 aa  67  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  21.94 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.04 
 
 
318 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  27.04 
 
 
318 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.36 
 
 
316 aa  67  0.0000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1880  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.98 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.460702  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.16 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.17 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.46 
 
 
323 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.12 
 
 
329 aa  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.53 
 
 
318 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.11 
 
 
322 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  23.18 
 
 
324 aa  65.1  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.88 
 
 
329 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.14 
 
 
348 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.44 
 
 
316 aa  63.9  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  29.36 
 
 
351 aa  63.9  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  27.36 
 
 
319 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  31.19 
 
 
336 aa  63.2  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.58 
 
 
308 aa  63.2  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.31 
 
 
317 aa  63.2  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  29.49 
 
 
323 aa  62.4  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.49 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.23 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.79 
 
 
342 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  31.19 
 
 
336 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  27.32 
 
 
316 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.83 
 
 
333 aa  61.6  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
329 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  26.7 
 
 
319 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2350  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.48 
 
 
325 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.192031  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.63 
 
 
316 aa  61.6  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.43 
 
 
315 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.52 
 
 
346 aa  59.7  0.00000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.05 
 
 
315 aa  59.3  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0993  TRAP transporter solute receptor  25.79 
 
 
323 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.793659  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.08 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.35 
 
 
328 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.79 
 
 
306 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.94 
 
 
329 aa  57.4  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  22.81 
 
 
320 aa  57  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  31.01 
 
 
335 aa  56.2  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>