More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7004 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 337 aa  697    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.61 
 
 		 340 aa  393  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  45.73 
 
 		 337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 		 343 aa  208  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 342 aa  195  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 354 aa  189  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 343 aa  186  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 355 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  32.38 
 
 		 354 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  32.32 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  35.6 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.63 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 		 342 aa  170  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 340 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  30.38 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.01 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 355 aa  164  3e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.59 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 388 aa  162  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  32.12 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  30.87 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  27.76 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.88 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.11 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.42 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.89 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.27 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  29.38 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 339 aa  155  8e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.58 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.31 
 
 		 330 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  29.26 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  29.51 
 
 		 352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  30.91 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.58 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.58 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.58 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.58 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.58 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.11 
 
 		 348 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.58 
 
 		 343 aa  152  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.58 
 
 		 343 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.39 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.79 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.55 
 
 		 349 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.35 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.27 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  28.18 
 
 		 344 aa  151  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  29.77 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.37 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.45 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 342 aa  149  5e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.41 
 
 		 333 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.81 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.92 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  27.61 
 
 		 336 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.17 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0420  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.76 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.18 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  29.75 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 353 aa  147  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.27 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  29.19 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.66 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 346 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  29.05 
 
 		 365 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  28.75 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.91 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>