More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6060 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 253 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.18 
 
 		 255 aa  332  3e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  58.43 
 
 		 255 aa  319  1.9999999999999998e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  54.94 
 
 		 249 aa  282  5.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.08 
 
 		 252 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.76 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.46 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.46 
 
 		 252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.15 
 
 		 258 aa  191  9e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.91 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.91 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.9 
 
 		 253 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.8 
 
 		 256 aa  186  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.51 
 
 		 250 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  36.05 
 
 		 254 aa  178  7e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.14 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.77 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.6 
 
 		 251 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 260 aa  169  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 265 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.77 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  34.77 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  37.74 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  34.12 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 251 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 243 aa  155  8e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2084  response regulator receiver protein  59.32 
 
 		 202 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  32.68 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.66 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 254 aa  123  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  32.94 
 
 		 240 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 153 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.84 
 
 		 261 aa  98.6  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  30.13 
 
 		 236 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.72 
 
 		 238 aa  94.4  1e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.05 
 
 		 237 aa  93.2  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.8 
 
 		 242 aa  92.8  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 247 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.52 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.9 
 
 		 245 aa  90.9  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 252 aa  89.7  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  28.63 
 
 		 242 aa  89.4  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.23 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 253 aa  89  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  26.79 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.66 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30.51 
 
 		 246 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30.51 
 
 		 246 aa  87.8  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  27.87 
 
 		 268 aa  87  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  28.77 
 
 		 248 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.74 
 
 		 243 aa  86.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 317 aa  86.3  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.08 
 
 		 237 aa  86.3  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.02 
 
 		 261 aa  85.9  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  28.3 
 
 		 248 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 243 aa  85.5  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  30.6 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0183  response regulator  27.54 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  30.6 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  28.45 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.46 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.56 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  28.57 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.87 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 141 aa  84  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  28.38 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.18 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.31 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.31 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  26.53 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  28.12 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.25 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  26.46 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  26.46 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  26.46 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.61 
 
 		 275 aa  82  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  26.46 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  25.69 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  26.72 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  26.46 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.91 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  38.18 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  38.18 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  38.18 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>