More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3589 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  589  1e-167  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00013616  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.08 
 
 
298 aa  361  8e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
311 aa  348  8e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 
293 aa  318  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0737  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.74 
 
 
293 aa  315  5e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
299 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
299 aa  290  2e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000030377  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.7 
 
 
299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.175132  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
298 aa  237  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6585  lactose transport system (permease)  44.67 
 
 
306 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172129  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
297 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185813 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
315 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000228392  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728774  normal  0.302995 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453278  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
279 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.232459 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4983  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  35.71 
 
 
310 aa  183  3e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
309 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
293 aa  177  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  34.81 
 
 
293 aa  176  5e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
309 aa  175  8e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.15 
 
 
328 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0926617  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
295 aa  172  5e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
300 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  34.74 
 
 
293 aa  170  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
291 aa  170  3e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 
288 aa  169  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
299 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
299 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
296 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.963086  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
353 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
325 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.738302  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
324 aa  165  8e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000204062  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
296 aa  165  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
296 aa  165  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.693678  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  37.89 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.157384  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  36.97 
 
 
301 aa  162  7e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
295 aa  162  9e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  34.69 
 
 
294 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
292 aa  161  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
328 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.913769 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
299 aa  160  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4638  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.7 
 
 
308 aa  159  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000461706  normal  0.23331 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
317 aa  159  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
300 aa  159  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
300 aa  159  5e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
316 aa  159  6e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1051  lactose transport system permease protein  32.66 
 
 
306 aa  158  9e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.390377  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  32.88 
 
 
317 aa  158  1e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.34 
 
 
275 aa  158  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
320 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495335  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
316 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0497455  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
338 aa  157  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00254991 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
402 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
314 aa  156  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  37.07 
 
 
315 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11610  permease component of ABC-type sugar transporter  34.27 
 
 
311 aa  156  4e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.117578  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  34.35 
 
 
320 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.92 
 
 
301 aa  155  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  32.4 
 
 
306 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
327 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.128939 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3147  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
319 aa  154  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00382098  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.77 
 
 
314 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1449  lactose transport system permease protein  32.64 
 
 
290 aa  153  4e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0650773 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0563  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.04 
 
 
294 aa  152  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.22835  normal  0.0558608 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.85 
 
 
322 aa  152  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.300337 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
299 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
296 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.243021 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
294 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.200183 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
294 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
316 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
316 aa  150  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
305 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.028536  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
318 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
314 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
311 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
318 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
334 aa  149  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
324 aa  149  5e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.455385  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
335 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0186858  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
316 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0935  multiple sugar transport system permease protein  33 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.36894  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1691  oligogalacturonide ABC tansporter, permease protein  35.77 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.041328  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  31.63 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.216687  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  34.03 
 
 
321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.63 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
293 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>