More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0342 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0342  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 778 aa  1593    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 760 aa  117  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 775 aa  115  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.22 
 
 		 365 aa  90.5  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 513 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  22.17 
 
 		 548 aa  79  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 509 aa  74.7  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 515 aa  72.8  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 773 aa  71.6  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 300 aa  70.1  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 356 aa  69.3  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  34.58 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 517 aa  67.4  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 313 aa  67  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 544 aa  66.6  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 287 aa  65.9  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 118 aa  65.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  21.31 
 
 		 542 aa  65.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 533 aa  65.1  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 548 aa  65.1  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.29 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 530 aa  64.3  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 766 aa  63.9  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 532 aa  63.9  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  23.11 
 
 		 412 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 359 aa  63.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 502 aa  62.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1138  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 276 aa  62  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283837  normal  0.0213707 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 519 aa  62  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 537 aa  62  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 259 aa  62  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 348 aa  62  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 535 aa  61.6  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 409 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 409 aa  60.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 523 aa  60.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2888  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 286 aa  60.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0357518  hitchhiker  0.0034345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 493 aa  60.5  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  30.95 
 
 		 310 aa  59.3  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  59.7  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 546 aa  59.7  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 146 aa  59.3  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 303 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 556 aa  59.7  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1251  two component transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 566 aa  58.9  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  31.43 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 506 aa  58.2  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 185 aa  58.5  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 544 aa  58.5  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  28.33 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.76 
 
 		 385 aa  57  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 267 aa  57  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 538 aa  57  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 331 aa  57  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 331 aa  57  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  27.19 
 
 		 337 aa  57  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 337 aa  57  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 526 aa  57  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 300 aa  57  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 359 aa  57  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 409 aa  56.6  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3846  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 381 aa  56.6  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000533064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.56 
 
 		 319 aa  56.6  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0209  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 238 aa  56.6  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  23.21 
 
 		 409 aa  56.6  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 411 aa  56.2  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 362 aa  56.2  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 342 aa  56.6  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 278 aa  56.6  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 282 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 258 aa  55.5  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 485 aa  55.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  20.83 
 
 		 779 aa  55.8  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1416  AraC family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 276 aa  55.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1069  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 299 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 285 aa  55.8  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 338 aa  55.8  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 519 aa  55.8  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0838  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 273 aa  55.8  0.000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00346138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>