More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1853 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1853  biopolymer transport exbB protein  100 
 
 
203 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118422  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.2 
 
 
257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0569  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.97 
 
 
230 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.728472  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1438  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.47 
 
 
232 aa  99.4  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.18 
 
 
226 aa  98.2  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2393  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.58 
 
 
197 aa  95.9  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2130  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.71 
 
 
228 aa  96.3  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0769434  normal  0.602608 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.76 
 
 
233 aa  95.1  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4371  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.5 
 
 
308 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4237  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.5 
 
 
308 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4165  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.5 
 
 
308 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  36.36 
 
 
211 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  36.36 
 
 
211 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
208 aa  91.3  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.62 
 
 
199 aa  90.1  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4089  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.05 
 
 
236 aa  89.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.369389  normal  0.337836 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0454  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.73 
 
 
227 aa  87.4  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0157661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  32.95 
 
 
234 aa  87  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1848  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.5 
 
 
239 aa  87  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.775268  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0438  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.84 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.66 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2566  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.72 
 
 
208 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11709  decreased coverage  0.00204386 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.66 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.6 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.96 
 
 
204 aa  79  0.00000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.372688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.77 
 
 
210 aa  79  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.13 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  32.29 
 
 
474 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.16 
 
 
252 aa  78.2  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.4 
 
 
214 aa  77.8  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2643  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.07 
 
 
210 aa  76.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05243  biopolymer transport protein  33.33 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.43 
 
 
209 aa  75.9  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.78 
 
 
206 aa  75.9  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3344  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.02 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0899  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  27.32 
 
 
214 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.73 
 
 
207 aa  75.5  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.87 
 
 
231 aa  74.7  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4648  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.85 
 
 
218 aa  74.7  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  34.29 
 
 
464 aa  74.7  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6028  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.735155  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.41 
 
 
478 aa  73.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.49 
 
 
202 aa  74.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2483  putative biopolymer transport exbB-like transmembrane protein  27.78 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0658113  normal  0.425168 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.96 
 
 
480 aa  73.2  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2303  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.89 
 
 
212 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.466313  normal  0.0952346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1556  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.89 
 
 
212 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.25632  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.5 
 
 
235 aa  73.2  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4891  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.17 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.92 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3807  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.35 
 
 
324 aa  72.8  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3153  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.37 
 
 
221 aa  72.8  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.17 
 
 
457 aa  72.4  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  30.06 
 
 
465 aa  72  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0149  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.04 
 
 
251 aa  72  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000197157  hitchhiker  0.00713803 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.95 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1464  hypothetical protein  30.68 
 
 
229 aa  71.6  0.000000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4594  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39 
 
 
215 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.93 
 
 
204 aa  71.6  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001354  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  32.99 
 
 
232 aa  71.2  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0024242  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  27.84 
 
 
453 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.33 
 
 
222 aa  70.9  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0286  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.79 
 
 
212 aa  70.9  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.22 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1925  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.38 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  30 
 
 
206 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1318  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.58 
 
 
214 aa  69.3  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.24 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.83 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.54 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3210  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.38 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000028591  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0916  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.68 
 
 
200 aa  68.6  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.931657  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5123  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
234 aa  68.6  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  30.22 
 
 
201 aa  68.6  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1060  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.58 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.962837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2805  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.42 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00166663  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3523  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.44 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  26.82 
 
 
220 aa  68.2  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0170  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.22 
 
 
209 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.508954  normal  0.361198 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3073  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.23 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  32 
 
 
460 aa  66.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  26.29 
 
 
453 aa  67  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.27 
 
 
462 aa  66.6  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2419  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.27 
 
 
222 aa  67  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.67 
 
 
209 aa  66.2  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.475045  hitchhiker  0.0000283851 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1612  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.67 
 
 
210 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.19801 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.56 
 
 
488 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0585  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.87 
 
 
263 aa  65.5  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127539  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.48 
 
 
469 aa  65.5  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.22 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.29 
 
 
451 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.64 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.09 
 
 
576 aa  65.1  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0442  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.64 
 
 
211 aa  65.1  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.56 
 
 
218 aa  65.1  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  32.76 
 
 
470 aa  64.7  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  47.83 
 
 
454 aa  64.7  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4273  TonB-system energizer ExbB type-1  30.91 
 
 
327 aa  64.7  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0103913 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3906  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
196 aa  64.3  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.286845  normal  0.293846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>