More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1672 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1672  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  617  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0940  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0385  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01722  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0236  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.859767 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0448  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  29.49 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  29.49 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  29.49 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5027  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 358 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  28.41 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  28.76 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  29.32 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  29.6 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  29.7 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.58 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 331 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0615  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  28.82 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0158  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>