164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3002 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  100 
 
 		 311 aa  635    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  68.06 
 
 		 310 aa  420  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  70.68 
 
 		 341 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  63.46 
 
 		 320 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  63.7 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  59.48 
 
 		 375 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  60.87 
 
 		 347 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  60.87 
 
 		 347 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  55.89 
 
 		 325 aa  353  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  53.07 
 
 		 304 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  54.23 
 
 		 304 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  52.03 
 
 		 335 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  53.82 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  52.58 
 
 		 347 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  52.96 
 
 		 333 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  52.88 
 
 		 339 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  53.38 
 
 		 324 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  52.52 
 
 		 339 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  52.52 
 
 		 339 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  53.09 
 
 		 335 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  54.05 
 
 		 293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  56.51 
 
 		 286 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  49.34 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  50 
 
 		 301 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  51.76 
 
 		 283 aa  297  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  55.36 
 
 		 295 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  55.51 
 
 		 273 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  54.75 
 
 		 273 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  54.37 
 
 		 273 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  53.23 
 
 		 282 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  50.72 
 
 		 367 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  50.72 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  50.72 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  43.31 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  42.11 
 
 		 284 aa  239  5.999999999999999e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  42.11 
 
 		 274 aa  236  3e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  40.55 
 
 		 259 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  39.02 
 
 		 278 aa  200  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  41.1 
 
 		 264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  33.68 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  38.74 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  40.54 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  36.56 
 
 		 259 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  36.12 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  33.45 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  36.36 
 
 		 270 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  36.36 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  34.53 
 
 		 346 aa  167  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  35.8 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  35.9 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  31.94 
 
 		 276 aa  162  5.0000000000000005e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  31.8 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  34.21 
 
 		 254 aa  159  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  30.45 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  35.11 
 
 		 273 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  33.84 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  35.98 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  32.09 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  33.21 
 
 		 259 aa  152  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  32.77 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  32.18 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  31.34 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  31.84 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  30.26 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  33.96 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  31.02 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  32.84 
 
 		 328 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  35.78 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  32.58 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  35.78 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  31.15 
 
 		 331 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  29.15 
 
 		 331 aa  145  9e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  35.78 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  30.74 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  29.9 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  31.23 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  34.51 
 
 		 391 aa  143  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  30.6 
 
 		 349 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  31.32 
 
 		 274 aa  142  8e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  30.69 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  29.49 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  31.58 
 
 		 274 aa  136  5e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  30.11 
 
 		 330 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  29.49 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  31.09 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  32.45 
 
 		 320 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  30.51 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  31.91 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  30.64 
 
 		 270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  31.05 
 
 		 344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  29.78 
 
 		 262 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  30 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  30.63 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  30.74 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  31.36 
 
 		 346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  28.09 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  29.25 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  30.83 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  32.08 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  32.08 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>