52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2442 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 196 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  60.31 
 
 		 189 aa  204  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  54 
 
 		 201 aa  187  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  51.49 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  51.83 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  48.7 
 
 		 222 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  49.74 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  44.98 
 
 		 205 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  42.54 
 
 		 200 aa  134  6.0000000000000005e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  44.5 
 
 		 195 aa  131  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  39.27 
 
 		 207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  39.79 
 
 		 207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  39.79 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  39.89 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  42.58 
 
 		 206 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  35.75 
 
 		 197 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1350  2'-5' RNA ligase-like protein  37.02 
 
 		 217 aa  98.6  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  38.38 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  38.38 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  33.52 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  34.07 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  38.1 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  22.82 
 
 		 182 aa  50.1  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.33 
 
 		 183 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  26.94 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  32.53 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  25.7 
 
 		 176 aa  47.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  32.03 
 
 		 186 aa  47.8  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.68 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  27.75 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  32.98 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  24.81 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 181 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 184 aa  44.7  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  24.81 
 
 		 181 aa  44.7  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  30.9 
 
 		 174 aa  44.3  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  32.84 
 
 		 184 aa  43.9  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 188 aa  43.1  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  26.63 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.16 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  28.96 
 
 		 176 aa  42.7  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 		 176 aa  42.7  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 		 177 aa  42  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1148  Phosphoesterase HXTX  26.35 
 
 		 193 aa  41.6  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00123846  normal  0.0935667 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 		 176 aa  41.2  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 		 176 aa  41.2  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 		 176 aa  41.2  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>