More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5910 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5910  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5304  LysR family transcriptional regulator  63.28 
 
 		 323 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.968375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3485  LysR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 308 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.271812  normal  0.0178536 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2553  LysR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 319 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3570  LysR family transcriptional regulator  61.31 
 
 		 319 aa  358  7e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3950  LysR family transcriptional regulator  61.31 
 
 		 319 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181955 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2708  putative transcription regulator protein  61.75 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0946983 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  40.53 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1608  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000207955  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 297 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 338 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 324 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 312 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.17 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 327 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 327 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 555 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  32.95 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.58 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  32.58 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  32.58 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  32.58 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  32.58 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1591  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.245083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>