210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5923 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
483 aa  960    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.72 
 
 
473 aa  477  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.96 
 
 
467 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  52.06 
 
 
471 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.25 
 
 
482 aa  378  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.68 
 
 
474 aa  359  6e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.78 
 
 
463 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.5 
 
 
518 aa  356  5.999999999999999e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  48 
 
 
463 aa  356  5.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  48 
 
 
463 aa  356  5.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.62 
 
 
463 aa  356  5.999999999999999e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.68 
 
 
529 aa  328  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.62 
 
 
455 aa  325  1e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.42 
 
 
480 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.92 
 
 
462 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.25 
 
 
450 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.8 
 
 
450 aa  295  9e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.38 
 
 
450 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.38 
 
 
450 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.38 
 
 
450 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.79 
 
 
451 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.82 
 
 
450 aa  290  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  42.33 
 
 
450 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.14 
 
 
450 aa  282  8.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.36 
 
 
450 aa  277  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.63 
 
 
474 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.55 
 
 
517 aa  243  7.999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.67 
 
 
466 aa  212  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.53 
 
 
459 aa  209  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.59 
 
 
529 aa  208  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
471 aa  206  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.25 
 
 
460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.13 
 
 
466 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.04 
 
 
510 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.96 
 
 
486 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.82 
 
 
470 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.13 
 
 
486 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.61 
 
 
476 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.25 
 
 
486 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.58 
 
 
465 aa  183  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.29 
 
 
474 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.2 
 
 
470 aa  182  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.32 
 
 
486 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.09 
 
 
466 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.84 
 
 
464 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.93 
 
 
467 aa  179  7e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.28 
 
 
492 aa  179  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.32 
 
 
491 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.41 
 
 
484 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.18 
 
 
489 aa  176  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
517 aa  175  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  33.58 
 
 
502 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.11 
 
 
497 aa  173  7.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.37 
 
 
479 aa  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.65 
 
 
471 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  29.65 
 
 
471 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  29.65 
 
 
471 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.35 
 
 
474 aa  161  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.7 
 
 
470 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.57 
 
 
470 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 
480 aa  158  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.47 
 
 
478 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.16 
 
 
486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.69 
 
 
464 aa  156  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.16 
 
 
486 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.84 
 
 
484 aa  149  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.62 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.4 
 
 
496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.34 
 
 
470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.24 
 
 
483 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.08 
 
 
478 aa  147  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.32 
 
 
492 aa  146  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.83 
 
 
475 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.19 
 
 
480 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.14 
 
 
579 aa  144  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.97 
 
 
484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.97 
 
 
484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 
458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.21 
 
 
479 aa  141  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.75 
 
 
484 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.59 
 
 
471 aa  139  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
505 aa  138  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  29.47 
 
 
442 aa  137  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.99 
 
 
495 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 
527 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.65 
 
 
478 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.85 
 
 
503 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.05 
 
 
479 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.41 
 
 
490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  26.08 
 
 
462 aa  131  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.65 
 
 
476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.73 
 
 
495 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.68 
 
 
488 aa  129  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  26.96 
 
 
522 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.41 
 
 
789 aa  127  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.09 
 
 
490 aa  127  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.96 
 
 
492 aa  127  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.06 
 
 
488 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.51 
 
 
530 aa  126  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.41 
 
 
494 aa  123  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>