More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3436 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0307  AMP-dependent synthetase and ligase  58.48 
 
 
571 aa  649    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0610213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
586 aa  1203    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  50.37 
 
 
573 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.590511 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1000  AMP-dependent synthetase and ligase  48.2 
 
 
573 aa  551  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00216584  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  43.47 
 
 
561 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  43.47 
 
 
583 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 
561 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 
561 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.65 
 
 
561 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 
561 aa  461  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 
583 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  43.47 
 
 
561 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 
561 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.69 
 
 
572 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.84 
 
 
572 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2490  AMP-dependent synthetase and ligase  45.16 
 
 
581 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0748983  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.51 
 
 
573 aa  454  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.58 
 
 
561 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.4 
 
 
561 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  44.16 
 
 
569 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.4 
 
 
561 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.4 
 
 
561 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.4 
 
 
561 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.49 
 
 
577 aa  442  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.49 
 
 
562 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.68 
 
 
572 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.49 
 
 
562 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  43.14 
 
 
567 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.64 
 
 
557 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.45 
 
 
557 aa  436  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2209  AMP-dependent synthetase and ligase  45.94 
 
 
577 aa  437  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.54 
 
 
558 aa  435  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.3 
 
 
557 aa  438  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.82 
 
 
557 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.07 
 
 
557 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.14 
 
 
557 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.25 
 
 
557 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.6 
 
 
557 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.52 
 
 
555 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.17 
 
 
557 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.2 
 
 
557 aa  428  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 
567 aa  426  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  41.91 
 
 
565 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.99 
 
 
557 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.17 
 
 
557 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.17 
 
 
557 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  42.07 
 
 
553 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
563 aa  423  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  40.81 
 
 
552 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.47 
 
 
563 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.11 
 
 
558 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.63 
 
 
551 aa  420  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.52 
 
 
557 aa  421  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  42.94 
 
 
533 aa  420  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  41.39 
 
 
569 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  41.43 
 
 
569 aa  419  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.11 
 
 
563 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  40.11 
 
 
560 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0799  hypothetical protein  41.17 
 
 
564 aa  414  1e-114  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.39313 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.72 
 
 
566 aa  413  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  41.54 
 
 
549 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.22 
 
 
562 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 
599 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.22 
 
 
562 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  39.28 
 
 
572 aa  409  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  42.26 
 
 
586 aa  412  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.44 
 
 
553 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.176827  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  40.72 
 
 
584 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.75 
 
 
560 aa  409  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.67 
 
 
565 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  39.67 
 
 
550 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.18 
 
 
569 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2193  AMP-dependent synthetase and ligase  41.83 
 
 
576 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 
565 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  40.37 
 
 
557 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.67 
 
 
565 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  43.08 
 
 
579 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  40.33 
 
 
561 aa  406  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 
584 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2263  AMP-dependent synthetase and ligase  40.96 
 
 
558 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.694237  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  41.68 
 
 
584 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  42.67 
 
 
572 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.775315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 
584 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.07 
 
 
554 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.82 
 
 
563 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  41.68 
 
 
584 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.49 
 
 
562 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.68 
 
 
569 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.49 
 
 
565 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  41.3 
 
 
584 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  40.33 
 
 
558 aa  403  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.86 
 
 
566 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  41.28 
 
 
559 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  42.1 
 
 
647 aa  405  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1606  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
558 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016837  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  42.69 
 
 
579 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.89 
 
 
562 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  39.22 
 
 
559 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 
581 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.88 
 
 
581 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>