More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0307 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  52.49 
 
 
573 aa  640    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.590511 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  58.48 
 
 
586 aa  638    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0307  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
571 aa  1170    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0610213 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1000  AMP-dependent synthetase and ligase  53.31 
 
 
573 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00216584  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2490  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 
581 aa  494  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0748983  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  45.68 
 
 
569 aa  490  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.47 
 
 
557 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.47 
 
 
557 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  44.42 
 
 
583 aa  485  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.86 
 
 
572 aa  488  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.55 
 
 
572 aa  487  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.5 
 
 
561 aa  487  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.25 
 
 
573 aa  485  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.42 
 
 
583 aa  485  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.12 
 
 
557 aa  487  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  44.33 
 
 
561 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.33 
 
 
561 aa  484  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.33 
 
 
561 aa  484  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.15 
 
 
561 aa  483  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  44.33 
 
 
561 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.33 
 
 
561 aa  484  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.15 
 
 
561 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.33 
 
 
561 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.04 
 
 
572 aa  481  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.15 
 
 
561 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.92 
 
 
557 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.05 
 
 
557 aa  478  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.15 
 
 
561 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.15 
 
 
561 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.1 
 
 
557 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.1 
 
 
557 aa  482  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.5 
 
 
557 aa  479  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.92 
 
 
557 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  46.69 
 
 
553 aa  477  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.69 
 
 
557 aa  472  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.95 
 
 
557 aa  474  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.82 
 
 
557 aa  474  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.29 
 
 
557 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.07 
 
 
577 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.13 
 
 
557 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  44.52 
 
 
567 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.31 
 
 
555 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  43.77 
 
 
550 aa  468  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2209  AMP-dependent synthetase and ligase  47.27 
 
 
577 aa  462  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  43.39 
 
 
569 aa  462  1e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  43.06 
 
 
569 aa  462  1e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.42 
 
 
558 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0799  hypothetical protein  44.15 
 
 
564 aa  464  1e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.39313 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  43.42 
 
 
560 aa  464  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  45.49 
 
 
533 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  42.38 
 
 
552 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.87 
 
 
558 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.75 
 
 
551 aa  457  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.29 
 
 
563 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.29 
 
 
563 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 
567 aa  456  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  43.92 
 
 
572 aa  457  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  44.08 
 
 
558 aa  451  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.41 
 
 
569 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  43.96 
 
 
562 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.75 
 
 
566 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.23 
 
 
569 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  44.5 
 
 
559 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2193  AMP-dependent synthetase and ligase  43.21 
 
 
576 aa  442  1e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.17 
 
 
562 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.86 
 
 
560 aa  443  1e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.46 
 
 
562 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.71 
 
 
569 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2409  AMP-dependent synthetase and ligase  40.32 
 
 
554 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0704611  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.53 
 
 
565 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.53 
 
 
562 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.23 
 
 
560 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.53 
 
 
562 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.99 
 
 
565 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.93 
 
 
562 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 
563 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.59 
 
 
560 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  44.05 
 
 
561 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.99 
 
 
565 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  43.32 
 
 
565 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.48 
 
 
561 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.28 
 
 
563 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.31 
 
 
560 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2155  AMP-dependent synthetase and ligase  42.12 
 
 
594 aa  436  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.657551  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  43.26 
 
 
566 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3572  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  42.33 
 
 
557 aa  434  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.52 
 
 
562 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 
565 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  43.76 
 
 
559 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.06 
 
 
572 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.48 
 
 
561 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  41.55 
 
 
586 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  41.37 
 
 
584 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  43.54 
 
 
561 aa  433  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2263  AMP-dependent synthetase and ligase  41.07 
 
 
558 aa  434  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.694237  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  41.37 
 
 
584 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  41.37 
 
 
584 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 
565 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>