More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1606 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  53.9 
 
 		 561 aa  645    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  53.9 
 
 		 583 aa  646    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.9 
 
 		 557 aa  674    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.9 
 
 		 557 aa  671    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.08 
 
 		 557 aa  674    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.17 
 
 		 557 aa  659    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  55.17 
 
 		 567 aa  659    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.18 
 
 		 561 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.18 
 
 		 561 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.18 
 
 		 561 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.18 
 
 		 561 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.92 
 
 		 557 aa  652    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.26 
 
 		 566 aa  652    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.47 
 
 		 557 aa  661    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.07 
 
 		 558 aa  670    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.54 
 
 		 572 aa  645    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.17 
 
 		 555 aa  656    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.81 
 
 		 572 aa  651    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.99 
 
 		 561 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.08 
 
 		 557 aa  675    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.66 
 
 		 553 aa  754    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.176827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.35 
 
 		 563 aa  657    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  53.9 
 
 		 561 aa  645    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.9 
 
 		 583 aa  646    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2263  AMP-dependent synthetase and ligase  97.49 
 
 		 558 aa  1132    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.694237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.26 
 
 		 561 aa  649    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.51 
 
 		 573 aa  651    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.08 
 
 		 572 aa  647    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.09 
 
 		 557 aa  668    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.9 
 
 		 561 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.47 
 
 		 557 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.08 
 
 		 557 aa  674    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.17 
 
 		 563 aa  654    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.61 
 
 		 577 aa  648    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.9 
 
 		 561 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.9 
 
 		 561 aa  645    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.62 
 
 		 562 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.26 
 
 		 557 aa  668    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.9 
 
 		 557 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.9 
 
 		 557 aa  676    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1606  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 558 aa  1159    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016837  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.99 
 
 		 557 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.9 
 
 		 561 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.62 
 
 		 562 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  55.54 
 
 		 569 aa  663    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.53 
 
 		 560 aa  631  1e-180  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  52.27 
 
 		 552 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  51.17 
 
 		 560 aa  595  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  50.45 
 
 		 550 aa  597  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2409  AMP-dependent synthetase and ligase  51.81 
 
 		 554 aa  585  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0704611  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 		 553 aa  581  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  50.9 
 
 		 558 aa  575  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  50.72 
 
 		 584 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  50.72 
 
 		 584 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  50.72 
 
 		 584 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49 
 
 		 551 aa  575  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  50.89 
 
 		 584 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  49.73 
 
 		 559 aa  570  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 		 586 aa  569  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  50.36 
 
 		 556 aa  568  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 		 584 aa  571  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  49.03 
 
 		 572 aa  565  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  49.64 
 
 		 559 aa  567  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 		 584 aa  568  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  49.01 
 
 		 559 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  48.83 
 
 		 559 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  49.28 
 
 		 647 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.36 
 
 		 562 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  48.92 
 
 		 559 aa  560  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  48.31 
 
 		 562 aa  561  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.92 
 
 		 560 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  47.69 
 
 		 566 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  47.49 
 
 		 561 aa  556  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.47 
 
 		 562 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  49.64 
 
 		 579 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.08 
 
 		 566 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  48.92 
 
 		 599 aa  555  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  48.65 
 
 		 601 aa  553  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 		 557 aa  551  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.11 
 
 		 562 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.46 
 
 		 566 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.19 
 
 		 557 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  48 
 
 		 553 aa  551  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  46.74 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  46.56 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.47 
 
 		 581 aa  551  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.64 
 
 		 566 aa  551  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.58 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.58 
 
 		 569 aa  551  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  48.65 
 
 		 604 aa  550  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.65 
 
 		 560 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.85 
 
 		 562 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.67 
 
 		 562 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.72 
 
 		 558 aa  547  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.46 
 
 		 563 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.75 
 
 		 562 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.11 
 
 		 557 aa  545  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.2 
 
 		 562 aa  548  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.27 
 
 		 562 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.19 
 
 		 563 aa  548  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>