More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6600 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  100 
 
 		 252 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 252 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  61 
 
 		 231 aa  290  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  36.84 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  33.02 
 
 		 218 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  33.64 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  30 
 
 		 226 aa  101  9e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  28.7 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  31.73 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 288 aa  91.7  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  33.17 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 265 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  30.36 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  30.41 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4241  regulatory protein GntR HTH  28.45 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000218359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4262  regulatory protein GntR HTH  27.43 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  32.08 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3767  regulatory protein GntR, HTH  28.03 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000910713  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  32.08 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1662  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00118308  normal  0.121792 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  29.73 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4009  regulatory protein GntR, HTH  27.6 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4358  regulatory protein GntR, HTH  27.6 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5996  regulatory protein GntR HTH  28.05 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.802632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  30.17 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  25.11 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  30.18 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  30.18 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  30.18 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  27.52 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.6 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.02 
 
 		 251 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  28.77 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  30.48 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  27.75 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  29.11 
 
 		 245 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  29.24 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.46 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.46 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.46 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.57 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  27.15 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  29.55 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 270 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  29.72 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  29.39 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.15 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  29.72 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  29.49 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  29.38 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  29.38 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.38 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  29.77 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  29.38 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.8 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  28.12 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.38 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.7 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.12 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  28.33 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  27.15 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.38 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  28.84 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.38 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  30.99 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  29.77 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.12 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  28.33 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.12 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.12 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.38 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.38 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  28.33 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.97 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  27.63 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.97 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>